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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003481

染色体: Chr03 坐标: 53362783-53370463 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003481
名称SmilChr03G003481
描述actin-related protein 2/3 complex subunit 2A
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53362783 - 53370463 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014369
GeneID131014369
locus_tag-
NCBI NameLOC131014369
原始查询LOC131014369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-related protein 2/3 complex subunit 2A
产物actin-related protein 2/3 complex subunit 2A
ArabidopsisAT1G30825 (DIS2)
Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839965]
identity=68.4; qcov=0.984; evalue=2.93e-157; confidence=high
RiceOs04g0512300
-
identity=34.9; qcov=0.974; evalue=2.79e-62; confidence=low
GOGO:0005200 (structural constituent of cytoskeleton); GO:0005885 (Arp2/3 protein complex); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030041 (actin filament polymerization); GO:0034314 (Arp2/3 complex-mediated actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04517 (IgSF CAM signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil05100 (Bacterial invasion of epithelial cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04045 (P34-Arc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014369

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057798310.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798310.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798310.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057798310.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057798311.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53366403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C8
Chr3:53369068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798310.1
324 aa
N
1
162
324
P34-Arc
C
PF04045 P34-Arc 74-297 aa
XP_057798311.1
309 aa
N
1
154
309
P34-Arc
C
PF04045 P34-Arc 59-282 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798310.1 Pfam PF04045 P34-Arc Family 74 297 3e-56 191.6 Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc
XP_057798311.1 Pfam PF04045 P34-Arc Family 59 282 2.7e-56 191.8 Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942328.1
TTACTAGATGAAATTCTAACATTTCAGAATACATTAGTTCTAAATTAACAATTTTAGGTTATTTGGTTGTGCAGAATTGTTTTTCAGAATTTTAGTTGTAAACTTTTGTGGGAGCTATCATCAACACTTCCACCTCTGCCCCCCCGAGGAGGAGGAGAGGAGGTTGTAAGCGAGACACACCCGAATGCCCATTCGATGGAGTCTTGATAAAGGAGTTGAACTAGACTGCCAGTGGGTTGAGTTTGATGATGTCCGCTACC...
XM_057942327.1
CATAAAACCTTTGAATAATTGAGATCCGTGTGTGTTTTCAAACTGTCTCACCTCACAAAGGATTGGGATTAGCTGTTACAAATCGATGATCCTGTTGCAGTCGCCCTGCAGATATCTCCTGCAAGTCTTATCTACTCGGGTTCAGAATCTTGATAAAGGAGTTGAACTAGACTGCCAGTGGGTTGAGTTTGATGATGTCCGCTACCATATTCAGGCAACTGTGAAAAATCCAAATCTCCTCCTACTATCACTATCTTTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014369
ATGCCCATTCGATGGAGTCTTGATAAAGGAGTTGAACTAGACTGCCAGTGGGTTGAGTTTGATGATGTCCGCTACCATATTCAGGCAACTGTGAAAAATCCAAATCTCCTCCTACTATCACTATCTTTACCCGCACCACCTCCTGAAACTGTATTTTTTGGAGGACTTCCTCAAGGAGCTATAGAAGCTATAAAGGCAGCATATGGTGTGGTTCTACAAGTTCTTGATCCCCCAAGGGATGGTTATAATCTTACAGTGAA...
LOC131014369
ATGATCCTGTTGCAGTCGCCCTGCAGATATCTCCTGCAAGTCTTATCTACTCGGGTTCAGAATCTTGATAAAGGAGTTGAACTAGACTGCCAGTGGGTTGAGTTTGATGATGTCCGCTACCATATTCAGGCAACTGTGAAAAATCCAAATCTCCTCCTACTATCACTATCTTTACCCGCACCACCTCCTGAAACTGTATTTTTTGGAGGACTTCCTCAAGGAGCTATAGAAGCTATAAAGGCAGCATATGGTGTGGTTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798310.1
MILLQSPCRYLLQVLSTRVQNLDKGVELDCQWVEFDDVRYHIQATVKNPNLLLLSLSLPAPPPETVFFGGLPQGAIEAIKAAYGVVLQVLDPPRDGYNLTVKLNLSKLPPDEEHKQAFLIKIASIRELVQGAPLRAVFKQLVSRGVKSDLNKIISLVHRPNESFFVFPQADKVTVIFPMRFKDSIDTVLATSFLQEFVEARRTAGLNNAPPCLWSSSPPKELEGSPDEALAANAGFVSFVIFPRHVEGRKLDRTVWSLST...
XP_057798311.1
MPIRWSLDKGVELDCQWVEFDDVRYHIQATVKNPNLLLLSLSLPAPPPETVFFGGLPQGAIEAIKAAYGVVLQVLDPPRDGYNLTVKLNLSKLPPDEEHKQAFLIKIASIRELVQGAPLRAVFKQLVSRGVKSDLNKIISLVHRPNESFFVFPQADKVTVIFPMRFKDSIDTVLATSFLQEFVEARRTAGLNNAPPCLWSSSPPKELEGSPDEALAANAGFVSFVIFPRHVEGRKLDRTVWSLSTFHAYVSYHVKCSEGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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