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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003518

染色体: Chr03 坐标: 53769849-53773041 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003518
名称SmilChr03G003518
描述putative glycerol-3-phosphate transporter 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53769849 - 53773041 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014407
GeneID131014407
locus_tag-
NCBI NameLOC131014407
原始查询LOC131014407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative glycerol-3-phosphate transporter 1
产物putative glycerol-3-phosphate transporter 1
ArabidopsisAT3G47420 (G3Pp1)
putative glycerol-3-phosphate transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823896]
identity=70.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0555300 (FCO11)
-
identity=64.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055062 (phosphate ion homeostasis); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057798348.1
2 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.40000 XP_057798348.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057798348.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057798348.1
5 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057798348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53770259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:53770965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:53771259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B32,C2,C36
Chr3:53771298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B78
Chr3:53771481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B9,D11
Chr3:53771775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798348.1
525 aa
N
1
262
525
MFS_1
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 117-435 aa PF07690 MFS_1 347-503 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798348.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 117 435 8.9e-46 157.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057798348.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 347 503 8.9e-46 157.1 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942365.1
AAGTGGAATCTCGGGTGGATATTCGCACCTACAAAGTGGTGGCGTAGACGCTGAGTAGCATAATAGTCATTTCGCGCTAATAGTCAGATCTCAGACGAGGCACTTGAACAGGGGTAGTTTCGGGACTCCCAAATTATCCGCTTCAAATAAATAAACCTTCAGTTGCAGTTGCTTCTCACACAAACGTGAGCACCTTTTGTTCGTCCCAGAACGAACTGCTCCAAAACAGGACAGAGAAACAAACCTTCATTCATATTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014407
ATGGGTTCAACTGGAGAGCCTGCCCCAGAAATAAAATACAGCAAGCCCCTAGGAATACGATTTGTGGAGTACGTTAAAGGATCAGCCATCTCGTACAAGACTCATCAAGCCATTGTCCTAATAATAACATTCTTCGCATACTTGGCCTACCATGCTACAAGGAAAACTACCAGTGTGGTGAAAAGTGCTCTTGATCCACAATCCCCTGATGTAGCCTTGCAATTGCAATCTATCTTCTTTTGGAGACGGGCTGATTCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798348.1
MGSTGEPAPEIKYSKPLGIRFVEYVKGSAISYKTHQAIVLIITFFAYLAYHATRKTTSVVKSALDPQSPDVALQLQSIFFWRRADSHKPLERPRNSLALGVGAGWAPFNGSDGTALLGELDVAFLFVYATGMFFSGHVGDRMDLRVFLTIGMVGTGLFTALYGVGYWANIHMFYYYLIVQMLAGLFQSTGWPSVVAVVGNWFGKKKRGLIMGIWNAHTSLGNITGSVVASVLLKYGWGWSMVVPGFGIVFVGLVLFFFLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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