Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003524

染色体: Chr03 坐标: 53844019-53850195 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003524
名称SmilChr03G003524
描述beta-fructofuranosidase, soluble isoenzyme I-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53844019 - 53850195 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014411
GeneID131014411
locus_tag-
NCBI NameLOC131014411
原始查询LOC131014411

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-fructofuranosidase, soluble isoenzyme I-like
产物beta-fructofuranosidase%2C soluble isoenzyme I-like
ArabidopsisAT1G62660 (AT1G62660)
Glycosyl hydrolases family 32 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842563]
identity=63.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0535600 (OSINV2)
-
identity=62.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004564 (beta-fructofuranosidase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00251 (Glyco_hydro_32N); PF08244 (Glyco_hydro_32C); PF11837 (INV_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057798355.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057798357.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057798355.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798356.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53844212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:53844245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr3:53844266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C16,D7
Chr3:53844283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B79,C45,D3
Chr3:53844323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B79,C45,D3
Chr3:53844383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:53844513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr3:53846358 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 19 A1,A16,A20,A24,B100,B107,B3,B47,B52,B57,B64,B68,B74,B75,B82,C41,C54,C56,C61
Chr3:53847523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C9
Chr3:53847807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr3:53847945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C22
Chr3:53848089 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798355.1
645 aa
N
1
322
645
INV_N
Glyco_hydro_32N
Glyco_hydro_32C
C
PF11837 INV_N 19-113 aa PF00251 Glyco_hydro_32N 121-437 aa PF08244 Glyco_hydro_32C 440-631 aa
XP_057798356.1
520 aa
N
1
260
520
Glyco_hydro_32N
Glyco_hydro_32C
C
PF00251 Glyco_hydro_32N 6-312 aa PF08244 Glyco_hydro_32C 315-506 aa
XP_057798357.1
471 aa
N
1
236
471
Glyco_hydro_32N
Glyco_hydro_32C
C
PF00251 Glyco_hydro_32N 1-263 aa PF08244 Glyco_hydro_32C 266-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798355.1 Pfam PF11837 INV_N Family 19 113 7.4e-12 46.5 Beta-fructofuranosidase, N-terminal domain
XP_057798355.1 Pfam PF00251 Glyco_hydro_32N Repeat 121 437 3.4e-97 326.4 Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain
XP_057798355.1 Pfam PF08244 Glyco_hydro_32C Domain 440 631 1.1e-21 78.2 Glycosyl hydrolases family 32 C terminal
XP_057798356.1 Pfam PF00251 Glyco_hydro_32N Repeat 6 312 2.3e-93 313.8 Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain
XP_057798356.1 Pfam PF08244 Glyco_hydro_32C Domain 315 506 7.3e-22 78.8 Glycosyl hydrolases family 32 C terminal
XP_057798357.1 Pfam PF00251 Glyco_hydro_32N Repeat 1 263 1.9e-66 225.4 Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain
XP_057798357.1 Pfam PF08244 Glyco_hydro_32C Domain 266 457 5.8e-22 79.2 Glycosyl hydrolases family 32 C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942372.1
ACACTTGTAAATAATTGTTCAAATGATACTAAAACTTATTATAAATATTTAATTATAAATTGAACACACATACCTTATCCAATCACGTGCCTAGAAACTCTTGCCAGTATATATATTTAGCAACACAAGATCACAGTTTGACACCCATTAATCTGAATCGCGAAATGGCCAGCGGCTCCTCCCCTTCGCCGCCGTATGATATCGAAGGCGCGGCGGCCTCCTACACCCCCATTCCAGCTGGCCCCCACTCGGAGCGCCCC...
XM_057942373.1
AATTTGTGATTGGGCAGTAGCTACCTGCCACGAGAAATATGAGATGAAAAATTTATTAGGTCCATTATTTTACAATGGATGGTACCATTTATTTTACCAGTACAATCCGGATTCAGCTGTATGGGGCAATATCACATGGGGCCATGCTGTATCAAGGGACCTTATCCACTGGCTTCACCTCCCATTTGCAATGGTGCCCGACCAATGGTACGACATCAATGGCGTCTGGACCGGGTCGGCTACGATCCTACCCGACGGCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014411
ATGGCCAGCGGCTCCTCCCCTTCGCCGCCGTATGATATCGAAGGCGCGGCGGCCTCCTACACCCCCATTCCAGCTGGCCCCCACTCGGAGCGCCCCAAAACCAAGAAACTCTTGCCCGCCATTTTATTTTCATCATTTTTCTTGCTTTCCTTAATTCTTTTGATCATCAAAAACCAAAACCCAGATTCTCTACCTAAACTCGAGGGCAGTACTAGTGCCCAAATCCCTACTACTCCGGCGGAGGCACCGTCAAGAGGGGT...
LOC131014411
ATGAAAAATTTATTAGGTCCATTATTTTACAATGGATGGTACCATTTATTTTACCAGTACAATCCGGATTCAGCTGTATGGGGCAATATCACATGGGGCCATGCTGTATCAAGGGACCTTATCCACTGGCTTCACCTCCCATTTGCAATGGTGCCCGACCAATGGTACGACATCAATGGCGTCTGGACCGGGTCGGCTACGATCCTACCCGACGGCCGGATCGTCATGTTGTACACCGGAGACACTCACAACGAGGTCCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798355.1
MASGSSPSPPYDIEGAAASYTPIPAGPHSERPKTKKLLPAILFSSFFLLSLILLIIKNQNPDSLPKLEGSTSAQIPTTPAEAPSRGVAQGVSEKVFRQVSGGNLSYAWTNVMLSWQRTAYHFQPQKNWINGPLFYNGWYHLFYQYNPDSAVWGNITWGHAVSRDLIHWLHLPFAMVPDQWYDINGVWTGSATILPDGRIVMLYTGDTHNEVQVQCLAYPANLSDPLLLDWVKDSNNPVLFPPPGIGTKDFRDPTTAWLSP...
XP_057798356.1
MKNLLGPLFYNGWYHLFYQYNPDSAVWGNITWGHAVSRDLIHWLHLPFAMVPDQWYDINGVWTGSATILPDGRIVMLYTGDTHNEVQVQCLAYPANLSDPLLLDWVKDSNNPVLFPPPGIGTKDFRDPTTAWLSPDGDKWRIAIGSKVNKTGISLVYETTDFIKYELADEYLHEVPGTGMWECVDFYPVSLTGEDGLDTSVNGPGVKHVLKTSLDDDKNDYYALGVYDPIKNKWIPDDPKNDVGIGLRYDYGKYYASKTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器