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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003537

染色体: Chr03 坐标: 53974725-53977434 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003537
名称SmilChr03G003537
描述probable inactive receptor kinase At4g23740
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53974725 - 53977434 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014420
GeneID131014420
locus_tag-
NCBI NameLOC131014420
原始查询LOC131014420

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At4g23740
产物probable inactive receptor kinase At4g23740
ArabidopsisAT4G23740 (AT4G23740)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828474]
identity=44.4; qcov=0.821; evalue=1.9e-73; confidence=medium
RiceOs01g0223600
-
identity=43.9; qcov=0.867; evalue=4.04e-78; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798376.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057798376.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057798376.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798377.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798377.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53974800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B54,C2,C27,C9
Chr3:53974802 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B105,C34,C6,C64,C66,C70
Chr3:53974867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B129,B50,C33
Chr3:53974879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B37,B81,B89
Chr3:53974993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B52,C61,C64,C72
Chr3:53975067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B85,C54,D2
Chr3:53975077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B29
Chr3:53976304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr3:53976715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B99,D11
Chr3:53976737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:53976944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:53977017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798376.1
383 aa
N
1
192
383
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 85-340 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 85-341 aa
XP_057798377.1
368 aa
N
1
184
368
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 72-326 aa
XP_057798378.1
368 aa
N
1
184
368
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 72-326 aa
XP_057798379.1
368 aa
N
1
184
368
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 72-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798376.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 85 340 1e-25 91.4 Protein kinase domain
XP_057798376.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 85 341 1.6e-23 84.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798377.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 325 9.6e-22 78.3 Protein kinase domain
XP_057798377.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 72 326 4.1e-20 72.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798378.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 325 9.6e-22 78.3 Protein kinase domain
XP_057798378.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 72 326 4.1e-20 72.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798379.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 325 9.6e-22 78.3 Protein kinase domain
XP_057798379.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 72 326 4.1e-20 72.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942393.1
GAAGTCAACGATTACTGCAAGATGTGGCTTAAAGAAAGATTGGCGCATACTCAGTTGAGAAGTTTATGGGAAAATGTCTGCAATCTATGATAACTGGGAAAGGCTGGTGGCTGCTGCTGTCAAGAAACAGCAGATATGGGAACTCTGTCATCAACCTTCCAGGAGCACCAGCACTCTCTCTGAAGCTTCGTATTTGACTTCTTCCTTTCGTGATCTGAGCTTTGACATTTCATGCCTACGCACTTCATCAAGATCACATC...
XM_057942394.1
ATTTCAAGCGGAATATGGAGATTGTTGGAGATGTCAGGCACCAGAATGTGGTTGCGCTAAGAGCTTATTATTCTTCACCAGATGAAAACCTTATGCTATATGATTATTACAGCAATGGAAGTGTGCATTCCTTATTACACGGCAAAACGGCTAATGTAGAGTGGGAAACCAGAGTAAAAATTGCGGTTGGTGCAGCGAGGGGCATTGCTGAAATACACAAACAGCTTGGTGGGATGCTTGTCCATGGAAACATAAAAGCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014420
ATGTCTGCAATCTATGATAACTGGGAAAGGCTGGTGGCTGCTGCTGTCAAGAAACAGCAGATATGGGAACTCTGTCATCAACCTTCCAGGAGCACCAGCACTCTCTCTGAAGCTTCGTATTTGACTTCTTCCTTTCGTGATCTGAGCTTTGACATTTCATGCCTACGCACTTCATCAAGATCACATCCCAATCTGGTTCTGCTTTCTGAATTTCGCCCTGATTTTGATGTCAAAGATGCAAGCTTGGCTTCTATTGAGTT...
LOC131014420
ATGATTAAAATGTTGCAAATAGGAATTAGATGTGTGGCTAAATCACCAAAAAAGAGACCTAAAATAGTTGAAGTAGTGGAGATGTTGGAGGATATTGAGTCACTGACCCAAGTGAGCCGTTCTTTGCAGTCAACGAGTGAGGAAGGGAAACTTATATTTCTTGAGGATGTTAATCCCATATTTGAGATTGGGTATTTATTGGAGGCTTCTGCTGAGGTGGTTGGGAAAGGATCATTTGGGACTAGTTACAAGACGACACT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057798376.1
MSAIYDNWERLVAAAVKKQQIWELCHQPSRSTSTLSEASYLTSSFRDLSFDISCLRTSSRSHPNLVLLSEFRPDFDVKDASLASIELLGVGTFGSAYVATTDAEQRFVVKRLKSEGISQLDFKRNMEIVGDVRHQNVVALRAYYSSPDENLMLYDYYSNGSVHSLLHGTRGVGGIPLDWRSRVKIALGAARGIAHIHGQHQKLVLGNIKSANIFLNEQNHSILAFDAALANLISPERLSGVLDSAYCSPEVANSGAVSQA...
XP_057798377.1
MIKMLQIGIRCVAKSPKKRPKIVEVVEMLEDIESLTQVSRSLQSTSEEGKLIFLEDVNPIFEIGYLLEASAEVVGKGSFGTSYKTTLDNGSIFVVKRFTGVNPTFKDFQQHMELFGRMNHINVGRLKAYYYGRDEKLLLYDYYNQGSISSLHGTRGVGGIPLDWRSRVKIALGAARGIAHIHGQHQKLVLGNIKSANIFLNEQNHSILAFDAALANLISPERLSGVLDSAYCSPEVANSGAVSQASDVYSFGVVLLQLFF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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