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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003542

染色体: Chr03 坐标: 54052083-54053446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003542
名称SmilChr03G003542
描述protein EXORDIUM-like 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54052083 - 54053446 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014425
GeneID131014425
locus_tag-
NCBI NameLOC131014425
原始查询LOC131014425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein EXORDIUM-like 3
产物protein EXORDIUM-like 3
ArabidopsisAT5G51550 (EXL3)
EXORDIUM like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835229]
identity=74; qcov=1; evalue=1.3e-179; confidence=high
RiceOs06g0133600 (134P10.10)
-
identity=62.6; qcov=1.02; evalue=5.44e-141; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04674 (Phi_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057798389.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057798389.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798389.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798389.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54052411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:54052561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:54052735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:54052867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B75,B99
Chr3:54052941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:54053024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798389.1
334 aa
N
1
167
334
Phi_1
C
PF04674 Phi_1 51-328 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798389.1 Pfam PF04674 Phi_1 Family 51 328 4.9e-100 335.2 Phosphate-induced protein 1 conserved region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942406.1
CCAAAGATATTTGTTACGTACTTGAATTAAATAAAAAATCAAAATAAAAGTTGTATCTCGGGTGTAGCATCTAATAAACTCTTTTTACCACATTCAAAAAAAAAAAATTGATTCCTGCAGGTCGGCCCCACATCCTCACCTACACTTTTAAAAATCCTTCTGGCCTCCATTACCAATAACACAATCTCAACTTCAAAATTTCCTCACTCACTCAGTCACAGCAATGGCGGCGGCGCTATCCTTCCTCCTCCTCCTGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014425
ATGGCGGCGGCGCTATCCTTCCTCCTCCTCCTGCTGTTCTTGACCGCCCCCGTCATCTCGTGGCGGCCGTGGCCCGATTCTCCGGCGAACGCGAGCGCCGGCCTCTTCGGCGGGTCGAAGAAATACGAGGGCTCGTCAGAATTCGTGAAAATGAGGTACCACATGGGCCCCGTCCTCACCGCCAACATCACCGTGTACCCCATCTGGTACGGCGCTTGGCGGAGCTCCCAGAAGCGGATAATCCGCGAGTTCATCGCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798389.1
MAAALSFLLLLLFLTAPVISWRPWPDSPANASAGLFGGSKKYEGSSEFVKMRYHMGPVLTANITVYPIWYGAWRSSQKRIIREFIASISAAGSRRPSVAAWWRTVQQYTDQTGANISRSVHMGAEKSDRFYGHGKTLTRLSVQSVIKSAVSAATRPLPVNPRSGVYLVLTSDDVYVQDFCNNVCGFHYFTFPSIVGYTLPYAWVGNSAKLCPDVCAYPFSVPKYIPNLKAVKSPNGDVGVDGMISVIAHEIAEVATNPLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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