当前解析结果
SmilChr03G003553| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003553 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003553 |
| 描述 | hypersensitive-induced response protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 54176136 - 54180526 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014436 |
|---|---|
| GeneID | 131014436 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014436 |
| 原始查询 | LOC131014436 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hypersensitive-induced response protein 4 |
| 产物 | hypersensitive-induced response protein 4 |
| Arabidopsis | AT5G51570 (AT5G51570)SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835231] identity=83.9; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0136000- identity=79.2; qcov=0.983; evalue=2.05e-166; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01145 (Band_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014436 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057798399.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057798399.1 |
| 3 | Endocytic vesicle | Endocytic vesicle | 0.20000 | XP_057798399.1 |
| 4 | Clathrin-coated vesicle | Clathrin-coated vesicle | 0.20000 | XP_057798399.1 |
| 5 | Cell projection | 细胞突起 | 0.20000 | XP_057798399.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:54176454 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B24,B28,B40,C78,D3 |
Chr3:54176570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,D1 |
Chr3:54180013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr3:54180192 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798399.1PF01145
Band_7 12-184 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798399.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 12 | 184 | 6e-31 | 108.5 | SPFH domain / Band 7 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。