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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003562

染色体: Chr03 坐标: 54260703-54265395 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003562
名称SmilChr03G003562
描述65-kDa microtubule-associated protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54260703 - 54265395 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014443
GeneID131014443
locus_tag-
NCBI NameLOC131014443
原始查询LOC131014443

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述65-kDa microtubule-associated protein 3
产物65-kDa microtubule-associated protein 3
ArabidopsisAT5G51600 (PLE)
Microtubule associated protein (MAP65/ASE1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835234]
identity=58.6; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0685900 (P0478H03.31-1)
-
identity=54.5; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005819 (spindle); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF03999 (MAP65_ASE1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798404.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057798404.1
3 Spindle Spindle 1.00000 XP_057798404.1
4 Centromere 着丝粒 0.80000 XP_057798404.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057798404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54261796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:54262413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C85
Chr3:54263309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B42,B43,B44,B82
Chr3:54263911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,D10
Chr3:54263924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:54264236 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B117,B54,C23,C82
Chr3:54264236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B54,C23,C82
Chr3:54264296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B54,C82
Chr3:54264384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B54,C23,C35,C82
Chr3:54264409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:54264413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B54,C23,C35,C82
Chr3:54264433 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B117,B54,C23,C35,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798404.1
738 aa
N
1
369
738
MAP65_ASE1
C
PF03999 MAP65_ASE1 18-508 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798404.1 Pfam PF03999 MAP65_ASE1 Family 18 508 9.1e-110 368.3 Microtubule associated protein (MAP65/ASE1 family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942421.1
AATTTCGAAATTTGAAAACTTTGTGCTCTGTCCTCGCCCCCTCAGCATGATTTAAAATCCCTCTTATCATTTCCTCACACATTCAACGGTCGAATTTTTCAAAGACACCCAATTCTACATTTTCTCTCTCTAAAACTCTTCACTCCCAGAATTTGAAACTCCTCTCCATCTTCTCAAGATAAAGTCCTAGAATCTTCACCAGTGTTGCTGAATTGTTGCGATAGAAAAAAATCTCAATCGATTTTGGGCTAATTTTTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014443
ATGTCAGCAGGTGAAAACAAGATGCTTACACTAATGGAAACAACATGCGGTACTCTTCTAAATGAATTGCAGATAATATGGGACGAGGTTGGGGAATCTGATGCTGAAAAAGACAGAATGTTGCTTGAGCTCGAACGAGAATGTTTAGAGGTGTACAGGAGAAAAGTAGATCAGGCAAACAAGTGTAGGGCTCAACTGAGGCAAGCAATTGCTGATGCTGAGGCCGAGCTTGCTGCCATCTGCTCTTCAATAGGTGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798404.1
MSAGENKMLTLMETTCGTLLNELQIIWDEVGESDAEKDRMLLELERECLEVYRRKVDQANKCRAQLRQAIADAEAELAAICSSIGEPPVHIRQSDQSTGSLKAELRAILPQIEEMRKRKSDRKSQFIEVNGEIQSIKNEIYGGGYASKDAAVNETDLSLRKLEELHIELQALQNEKCERLKHVHEHLNYLYLGCSVLGLDFKQTVSEIHPNLGEPEGSKDISNGTIDQLRIAIQRMQEVKVQRMQQLQDLASSLLELWNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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