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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003580

染色体: Chr03 坐标: 54404167-54411441 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003580
名称SmilChr03G003580
描述splicing factor U2af large subunit B-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54404167 - 54411441 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014462
GeneID131014462
locus_tag-
NCBI NameLOC131014462
原始查询LOC131014462

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述splicing factor U2af large subunit B-like
产物splicing factor U2af large subunit B-like
ArabidopsisAT4G36690 (ATU2AF65A)
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829822]
identity=81.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0636900 (U2AF65A)
-
identity=75.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000243 (commitment complex); GO:0005634 (nucleus); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0008187 (poly-pyrimidine tract binding); GO:0016607 (nuclear speck); GO:0030628 (pre-mRNA 3'-splice site binding); GO:0071004 (U2-type prespliceosome); GO:0089701 (U2AF complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014462

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798425.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057798425.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057798428.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798428.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057798425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54405761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C32,C68
Chr3:54406553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:54406661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr3:54406727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,D1
Chr3:54406755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:54406894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:54409728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:54410009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr3:54410134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C49
Chr3:54410497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C27
Chr3:54410888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:54411084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798425.1
580 aa
N
1
290
580
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 367-436 aa PF00076 RRM_1 503-563 aa
XP_057798426.1
580 aa
N
1
290
580
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 367-436 aa PF00076 RRM_1 503-563 aa
XP_057798427.1
580 aa
N
1
290
580
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 367-436 aa PF00076 RRM_1 503-563 aa
XP_057798428.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057798429.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057798430.1
383 aa
N
1
192
383
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 170-239 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798425.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 367 436 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798425.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 503 563 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798426.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 367 436 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798426.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 503 563 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798427.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 367 436 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798427.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 503 563 1.8e-35 121.3 RNA recognition motif
XP_057798428.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif
XP_057798428.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif
XP_057798429.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif
XP_057798429.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif
XP_057798430.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 170 239 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif
XP_057798430.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 2.2e-36 124.3 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942442.1
AGGTATTACAAATTCTAATGGCCCAATTTAAAAGAAAGCCCATTATCTCAATTTAACAAAAGTAACTCTAATGGCCCAATTAAAAAGAAAGCCCATCATCATCCCAATTAAATAAAAAAGGCAGCAGCTACAACTTTGAAGTTTTGAATGAATTGTTTCTACGGGAAATTTTGAAAAATAGAACGCAGCTGCAGGGTTACCCACTACAGAAACTTGCCCCGCGTCCGGCGTCAGCTCCTACTGTTCCGACTTCCGACGAT...
XM_057942443.1
AACTTTGAAGTTTTGAATGAATTGTTTCTACGGGAAATTTTGAAAAATAGAACGCAGCTGCAGGGTTACCCACTACAGAAACTTGCCCCGCGTCCGGCGTCAGCTCCTACTGTTCCGACTTCCGACGATTAACGCCGCTGCCCCGTGCCAACACTAAATTCTCTCCCATTCCAATTTTTGGTACTTCAAATATAATTCAAGCTGATTATGTGTGGAGTTTCACTGTACTGATCTATTTCGTGATATAAAGGTTAAGACGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131014462
ATGGCAACTCACGAGGCTGATAAAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTATAGAATCACTCGAACCAGCAGCCATGCAGGAGAAAGCTCACAAAGGTTCCTCAAGTTCTGGATCCAAGCATGAATCTCGGGAACATGCAAGAGATAGGGAGAGGGAGTCCTCTAAAAGCAGAGACAGGGAGAGGGAAAGAGGTCGAGACAAAGATAGAGACAGGGACAAAGAGAAGGATAAGGAGCGAGAAAGGGTGAGGGACAGAGATAGGGA...
LOC131014462
ATGGCAACTCACGAGGCTGATAAAAATTCCCTTTCTCCATCTCGTATAGAATCACTCGAACCAGCAGCCATGCAGGAGAAAGCTCACAAAGGTTCCTCAAGTTCTGGATCCAAGCATGAATCTCGGGAACATGCAAGAGATAGGGAGAGGGAGTCCTCTAAAAGCAGAGACAGGGAGAGGGAAAGAGGTCGAGACAAAGATAGAGACAGGGACAAAGAGAAGGATAAGGAGCGAGAAAGGGTGAGGGACAGAGATAGGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057798425.1
MATHEADKNSLSPSRIESLEPAAMQEKAHKGSSSSGSKHESREHARDRERESSKSRDRERERGRDKDRDRDKEKDKERERVRDRDRERDKDRDKDRERERDKDRDRHHRDRHRDRSERRERTRDRDDRDDYYRSRDYDMRKDYDKDREERHRHRSRSRSRAKSEHRSRSRSRSRSKSKRMSGFDMAPPAALLPNTAAAVAGQLPGAPPTLPGMFPNMLSLPGGQFGALPGMPVQAMTQQATRHARRVYVGGLPPTANEQT...
XP_057798426.1
MATHEADKNSLSPSRIESLEPAAMQEKAHKGSSSSGSKHESREHARDRERESSKSRDRERERGRDKDRDRDKEKDKERERVRDRDRERDKDRDKDRERERDKDRDRHHRDRHRDRSERRERTRDRDDRDDYYRSRDYDMRKDYDKDREERHRHRSRSRSRAKSEHRSRSRSRSRSKSKRMSGFDMAPPAALLPNTAAAVAGQLPGAPPTLPGMFPNMLSLPGGQFGALPGMPVQAMTQQATRHARRVYVGGLPPTANEQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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