Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002221`

染色体: Chr01 坐标: 38614364-38618732 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002221`
名称	SmilChr01G002221
描述	phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	38614364 - 38618732 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014479`
GeneID	`131014479`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014479`
原始查询	`LOC131014479`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 1-like
产物	phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 1-like
Arabidopsis	`AT1G21980` (PIP5K1) phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838801] identity=74.2; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0705300` - identity=63; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016308 (1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity); GO:0046488 (phosphatidylinositol metabolic process)
KEGG	smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01504 (PIP5K); PF02493 (MORN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057798459.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057798459.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057798459.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798459.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798459.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:38614777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,C20
`Chr1:38616814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:38617225`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B28
`Chr1:38617225`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B28
`Chr1:38617315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B89,C11,C69,D8
`Chr1:38618015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B45,C63
`Chr1:38618227`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B41,B74
`Chr1:38618227`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B41,B74
`Chr1:38618272`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A13
`Chr1:38618272`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798459.1

792 aa

396

792

MORN

PIP5K

PF02493 MORN 81-103 aa PF02493 MORN 104-125 aa PF02493 MORN 127-149 aa PF02493 MORN 150-171 aa PF02493 MORN 173-194 aa PF02493 MORN 196-218 aa PF02493 MORN 219-240 aa PF01504 PIP5K 475-786 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	81	103	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	104	125	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	127	149	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	150	171	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	173	194	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	196	218	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	219	240	1.8e-43	144.5	MORN repeat
`XP_057798459.1`	Pfam	`PF01504`	PIP5K	Family	475	786	2.1e-104	349.6	Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942476.1
GCAGCGAGCTTATTATTACTATCTCTCTCTCTCTCTCACGCACTCACCTTTCTCTCTCTAACCCATCTTTTCTTTTCTCTTTCTTTTCCCATCTCTGCTTTTTCAGTTTCCTTGTTTTCTCATTCCATTTCCATCCCATCTCACCCTCTCTCTCTCTCTCTATAACTTTCTCTCTAGACTACTTCCACTTCACAAGCCACCGGGAAACCAATCCGCCGCTCATCCTCCGGCAATAATCGACCGCAATACACGCCGGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014479
ATGCCAGAGACGCTGCTATGCGTGAAGCCAGCCGAGAACGAGCGCAGAAAGCCAAGCAGCGAGAATTCCGGCGACAAATCCCTAGATAATGCTGCAGCCACCACCACCACCACCACGCCGAGATCAGTGATAATAGTGCCGCGCAGTAAATCTCAGGCGACCTGCCGGCGCGTGACGCCGGCGTCGATTCCCGACGGTGGACCCGGCGTCATCGAGAAGCGCCTCCCCAACGGCGATCTGTACATCGGGACATTCTCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798459.1
MPETLLCVKPAENERRKPSSENSGDKSLDNAAATTTTTTPRSVIIVPRSKSQATCRRVTPASIPDGGPGVIEKRLPNGDLYIGTFSSNTPHGSGKYLWKDGCMYEGDWKKGKASGRGKFSWPSGATFEGEFKSGRMEGTGTFIGSDGDMYRGSWSGDRKHGYGIKHYSNGDYYEGQWRRNLQDGQGRYLWRNGNEYIGEWKSGVIHGRGVLVWNNGNRYDGNWENGSPKGQGVFTWPDGSCYMGSWTNDSPKNGNRNPNQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器