Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003605`

染色体: Chr03 坐标: 54698558-54702926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003605`
名称	SmilChr03G003605
描述	quinolinate phosphoribosyltransferase [decarboxylating] 1a-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	54698558 - 54702926 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014482`
GeneID	`131014482`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014482`
原始查询	`LOC131014482`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	quinolinate phosphoribosyltransferase [decarboxylating] 1a-like
产物	quinolinate phosphoribosyltransferase [decarboxylating] 1a-like
Arabidopsis	`AT2G01350` (QPT) quinolinate phoshoribosyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814663] identity=79.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0553600` - identity=75.9; qcov=0.906; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004514 (nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009435 (NAD+ biosynthetic process); GO:0034213 (quinolinate catabolic process)
KEGG	smil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01729 (QRPTase_C); PF02749 (QRPTase_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798458.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057798457.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057798458.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798457.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798457.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:54698624`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	101	A10,A11,A13,A15,A19,A2,A20,A21,A25,A3,A4,A6,B1,B10,B103,B105,B109,B11,B111,B117,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B128,B132,B134,B138,B139,B140,B16,B2,B21,B26,B28,B29,B30,B33,B34,B36,B4,B46,B53,B55,B59,B65,B7,B71,B73,B74,B79,B80,B86,B88,B93,B95,B98,C1,C15,C19,C20,C28,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C39,C45,C49,C5,C53,C54,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C66,C68,C7,C70,C71,C74,C76,C78,C81,C82,C85,C86,C87,D1,D2,D3,D6,D9
`Chr3:54698649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B37,B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798457.1

370 aa

185

370

QRPTase_N

QRPTase_C

PF02749 QRPTase_N 86-171 aa PF01729 QRPTase_C 173-354 aa

XP_057798458.1

352 aa

176

352

QRPTase_N

QRPTase_C

PF02749 QRPTase_N 68-153 aa PF01729 QRPTase_C 155-336 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798457.1`	Pfam	`PF02749`	QRPTase_N	Domain	86	171	4.5e-22	78.8	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain
`XP_057798457.1`	Pfam	`PF01729`	QRPTase_C	Domain	173	354	2.2e-51	174.7	Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
`XP_057798458.1`	Pfam	`PF02749`	QRPTase_N	Domain	68	153	4.3e-22	78.8	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain
`XP_057798458.1`	Pfam	`PF01729`	QRPTase_C	Domain	155	336	2.3e-51	174.6	Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942474.1
AAGGCCTTTTCTTAATAAAAATACAGCTCAATTCTTTAAACAAACATGGGCAAAGATTTAAATAATCTGGCCCAAACCCACGCACACATCACACTCGCAGACCGCCGCGTCGCCGCCGTCTGTCGACTCACGGCCAAACCCTCTTTCCTGATTCGATTGGTGGTGAAAATGTCAGCCACAGCCACAAGGAACACGGGAACTGCGGCCGTGTCCATAGCCGTGAAGCCGCCGGCTCATCCCACTTATGACCTCAAGAGTGT...

XM_057942475.1
AAACATGGGCAAAGATTTAAATAATCTGGCCCAAACCCACGCACACATCACACTCGCAGACCGCCGCGTCGCCGCCGTCTGTCGACTCACGGCCAAACCCTCTTTCCTGATTCGGTACTCATCCCTACCCAATTTTTTTTGAAAGATAAAACCGAATTAAATTGCAAAAACCGAAAAATCGAACCATATTTCTATCTTATTTGAGTTGTGCGCAGTGCGAAGAATCATTGTCTACGCTGCAAGCGCAGAAAGCATCGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014482
ATGGGCAAAGATTTAAATAATCTGGCCCAAACCCACGCACACATCACACTCGCAGACCGCCGCGTCGCCGCCGTCTGTCGACTCACGGCCAAACCCTCTTTCCTGATTCGATTGGTGGTGAAAATGTCAGCCACAGCCACAAGGAACACGGGAACTGCGGCCGTGTCCATAGCCGTGAAGCCGCCGGCTCATCCCACTTATGACCTCAAGAGTGTTATACAGCTTGCGCTGTCTGAGGACGCCGGTGATCTAGGGGATGT...

LOC131014482
ATGATTACCGCTTTTTCTCTTTCCCCACTTTGTTCGCTCATTCCCTCAGCCCAAAGATTGGTGGTGAAAATGTCAGCCACAGCCACAAGGAACACGGGAACTGCGGCCGTGTCCATAGCCGTGAAGCCGCCGGCTCATCCCACTTATGACCTCAAGAGTGTTATACAGCTTGCGCTGTCTGAGGACGCCGGTGATCTAGGGGATGTGACTTGTAAAGCAACGATTCCTGATGAAATGGAAGTGGAAGCCTATTTTTTGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057798457.1
MGKDLNNLAQTHAHITLADRRVAAVCRLTAKPSFLIRLVVKMSATATRNTGTAAVSIAVKPPAHPTYDLKSVIQLALSEDAGDLGDVTCKATIPDEMEVEAYFLAKEDGIVAGIGLAEMVFSEVDPSLKVEWYRKDGDNVHKGLQFGKVHGRAHSIVVAERVVLNFMQRMSGIATLTKAMADAAEPAYILETRKTAPGLRLMDKWAVLIGGGQNHRMGLFDMVMIKDNHISIAGGVTNALKSVDLYLEQNNLQMGVEVET...

XP_057798458.1
MITAFSLSPLCSLIPSAQRLVVKMSATATRNTGTAAVSIAVKPPAHPTYDLKSVIQLALSEDAGDLGDVTCKATIPDEMEVEAYFLAKEDGIVAGIGLAEMVFSEVDPSLKVEWYRKDGDNVHKGLQFGKVHGRAHSIVVAERVVLNFMQRMSGIATLTKAMADAAEPAYILETRKTAPGLRLMDKWAVLIGGGQNHRMGLFDMVMIKDNHISIAGGVTNALKSVDLYLEQNNLQMGVEVETRTLEEVTQVLLYASTTKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器