Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003610`

染色体: Chr03 坐标: 54724309-54725298 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003610`
名称	SmilChr03G003610
描述	uncharacterized SmilChr03G003610
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	54724309 - 54725298 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014487`
GeneID	`131014487`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014487`
原始查询	`LOC131014487`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798462.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057798462.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798462.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798462.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798462.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:54724911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B33,C45,C46
`Chr3:54724957`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A19,A3,B130,C78
`Chr3:54724957`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A19,A3,B130,C78
`Chr3:54724958`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	33	A14,A15,A20,A24,A25,A9,B131,B16,B30,B4,B57,B59,B62,B63,B70,B73,B79,B8,B80,B81,C12,C17,C28,C36,C40,C47,C50,C57,C61,C69,C75,D1,D11
`Chr3:54724961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B57
`Chr3:54724972`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A1,B27,B78,C14,C38,C6,C7,C77
`Chr3:54724975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C33,C5,C65
`Chr3:54724984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B4,B89,C47
`Chr3:54725004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C40
`Chr3:54725006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B65,C71
`Chr3:54725008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:54725020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942479.1
TCGGCGTAGATGGAAGAAGGTTGTTGTCGCACGTCCTGGTGGAGGGTGGCGCGATGGTTCTAAATCGCGTAGGCGCGCTGACGACGCGCGGGGTGGCGTCTAGACGACGCGGCAATTGCAGGTGTGGATGGCGGTGGACTGGCGTGAGCTGTGATGGTGGTGGCGCTACTGATCACCGTCTAGATCTGGCGGCGACGCTGTGTGCAGGAGCAGTGCACGATGATGAGGAGGCGGCGCACGGCGTTCAACCATTCGCTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014487
ATGGTTCTAAATCGCGTAGGCGCGCTGACGACGCGCGGGGTGGCGTCTAGACGACGCGGCAATTGCAGGTGTGGATGGCGGTGGACTGGCGTGAGCTGTGATGGTGGTGGCGCTACTGATCACCGTCTAGATCTGGCGGCGACGCTGTGTGCAGGAGCAGTGCACGATGATGAGGAGGCGGCGCACGGCGTTCAACCATTCGCTGCCCCCGTGTTCTACCCCGACGACACTTCAGACCCGCCCCCAATCCCCAACTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798462.1
MVLNRVGALTTRGVASRRRGNCRCGWRWTGVSCDGGGATDHRLDLAATLCAGAVHDDEEAAHGVQPFAAPVFYPDDTSDPPPIPNLVVRIPTQRSPFSALKNTLESSPQVSSGSQNMR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器