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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003618

染色体: Chr03 坐标: 54844007-54848069 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003618
名称SmilChr03G003618
描述glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54844007 - 54848069 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014492
GeneID131014492
locus_tag-
NCBI NameLOC131014492
原始查询LOC131014492

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1-like
产物glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1-like
ArabidopsisAT3G55830 (EPC1)
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824749]
identity=56.6; qcov=0.911; evalue=4.33e-131; confidence=high
RiceOs06g0705000
-
identity=61.5; qcov=0.736; evalue=4.45e-116; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF09258 (Glyco_transf_64)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014492

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057798466.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057798466.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798466.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798466.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798466.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54844221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:54844262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B22
Chr3:54844267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,B44
Chr3:54844285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C64
Chr3:54844377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:54844436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:54845132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:54846386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B19,C2,C37,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798466.1
349 aa
N
1
174
349
Glyco_transf_64
C
PF09258 Glyco_transf_64 89-341 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798466.1 Pfam PF09258 Glyco_transf_64 Domain 89 341 1.1e-72 245.0 Glycosyl transferase family 64 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942483.1
GTTGTCTAAAAAAGAAGAAAAGGAAAGGAAAGTGTGGTGCCTCAACTCCGTCACGCGCCATACTGAACATAACACCCGCCGGATTCACTGCAGCCGTAGCGCCGGCCGCCGGAACGATTTTCCTGGTCACCGACCCTAAGCGATTCTGCGGCGTCCCGTTGAACGGACGCGTGAAGATGTCGACCCTCATCGCCATCCGAGATGCGTCGCAGAACGGCAACGGTGGCGATTACTCTCCCGCCAAGGCGAAAGCGTCGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014492
ATGTCGACCCTCATCGCCATCCGAGATGCGTCGCAGAACGGCAACGGTGGCGATTACTCTCCCGCCAAGGCGAAAGCGTCGAATCGCGGCGGCCGCTCGCCTCTTCTTCGCAGGCTTCGCCTGCTTCTTGGCAGCGCCAAGTACAAGCTCCTCCTTCTGTTATGCTTCTTCACTTCCCTCTGTTTCCTCAGCTCGAAGTTGTCGTCTTTTATGGGGTGGAACCCTCATTATGCTTCTTCCGTTTATTCACCCTCGAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798466.1
MSTLIAIRDASQNGNGGDYSPAKAKASNRGGRSPLLRRLRLLLGSAKYKLLLLLCFFTSLCFLSSKLSSFMGWNPHYASSVYSPSRGGYTVLINTWKRNSLLKQSVAHYASCQGTDAIHVVWSENDLPSSKLREYLMQVVRKKSQTVHKPNFRFDLNEEDNLNNRFKPIEDLRTDAIFSVDDDVIIPCRTLDFAFTVWQTAPLTMVGFVPRVHWLDGERSGQAHYEYGGWWSVWWTGTYSMVLSKAAFFHKKYLDLYTNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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