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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002231

染色体: Chr01 坐标: 38794171-38798479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002231
名称SmilChr01G002231
描述histone acetyltransferase of the MYST family 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38794171 - 38798479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014517
GeneID131014517
locus_tag-
NCBI NameLOC131014517
原始查询LOC131014517

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone acetyltransferase of the MYST family 1
产物histone acetyltransferase of the MYST family 1
ArabidopsisAT5G64610 (HAM1)
histone acetyltransferase of the MYST family 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836582]
identity=86.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0626600 (OsHAM701)
-
identity=93.1; qcov=0.89; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004402 (histone acetyltransferase activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0016573 (GO:0016573)
KEGG-
PfamPF01853 (MOZ_SAS); PF11717 (Tudor-knot); PF17772 (zf-MYST)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798494.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057798494.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798494.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798494.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38795857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C54,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798494.1
438 aa
N
1
219
438
Tudor-knot
zf-MYST
MOZ_SAS
C
PF11717 Tudor-knot 53-111 aa PF17772 zf-MYST 164-218 aa PF01853 MOZ_SAS 222-417 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798494.1 Pfam PF11717 Tudor-knot Family 53 111 9e-20 71.1 RNA binding activity-knot of a chromodomain
XP_057798494.1 Pfam PF17772 zf-MYST Domain 164 218 2.6e-25 88.5 MYST family zinc finger domain
XP_057798494.1 Pfam PF01853 MOZ_SAS Domain 222 417 2.1e-96 322.1 MOZ/SAS family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942511.1
ATGGTTTCGATCGATAACGGCGTAGCCACCGTCGCCGCCGCTAACGGCCATGCGATCGCCGCTGCGGGTGGCGGTGCATTTGCTCCGGCTTCACAGTCCAACGGCGCTCAGCCGGAGAGCGACGCTTCTCGGAAGAGGAAGATGTTGGTTCTGCCGCTGGAGGTCGGGACTCGCGTCAATTGCCGGTGGCGCGACGGAAAGTACCATCCGGTGAAGGTCATCGAGCGCCGCAAGCTTTCATGTGATGGGGTTAACGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014517
ATGGTTTCGATCGATAACGGCGTAGCCACCGTCGCCGCCGCTAACGGCCATGCGATCGCCGCTGCGGGTGGCGGTGCATTTGCTCCGGCTTCACAGTCCAACGGCGCTCAGCCGGAGAGCGACGCTTCTCGGAAGAGGAAGATGTTGGTTCTGCCGCTGGAGGTCGGGACTCGCGTCAATTGCCGGTGGCGCGACGGAAAGTACCATCCGGTGAAGGTCATCGAGCGCCGCAAGCTTTCATGTGATGGGGTTAACGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798494.1
MVSIDNGVATVAAANGHAIAAAGGGAFAPASQSNGAQPESDASRKRKMLVLPLEVGTRVNCRWRDGKYHPVKVIERRKLSCDGVNDYEYYVHYTEFNRRLDEWVKLDQLDLNSVENDVDEKVEDKVTSLKMTRHQKRKIDETHVEGHEELDAASLREHEEFTKVKNIATIELGRYEIETWYFSPFPPEYNDCTKLFFCEFCLNFMKRKEQLQRHMRKCDLKHPPGDEIYRNGTLSMFEVDGKKNKVYGQNLCYLAKLFLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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