Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003676

染色体: Chr03 坐标: 55602331-55606494 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003676
名称SmilChr03G003676
描述uncharacterized SmilChr03G003676
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向55602331 - 55606494 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014544
GeneID131014544
locus_tag-
NCBI NameLOC131014544
原始查询LOC131014544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]; symbol=AT3G07750; hit=AT3G07750; species=arabidopsis; confidence=high
产物3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]; symbol=AT3G07750; hit=AT3G07750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07750 (AT3G07750)
3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]
identity=72.9; qcov=1.1; evalue=2.08e-146; confidence=high
RiceOs12g0403800
-
identity=69.7; qcov=1.1; evalue=4.03e-134; confidence=high
GOGO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0034427 (GO:0034427); GO:0034473 (U1 snRNA 3'-end processing); GO:0034475 (U4 snRNA 3'-end processing); GO:0034476 (U5 snRNA 3'-end processing); GO:0043928 (GO:0043928); GO:0071028 (nuclear mRNA surveillance); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071042 (nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01138 (RNase_PH); PF03725 (RNase_PH_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798528.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057798529.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057798532.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798530.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798528.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:55602725 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A1,B107,B108,B133,B3,B47,B72,C41,C56
Chr3:55602747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:55602765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,C13,C37
Chr3:55603287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C62
Chr3:55603765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr3:55603774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr3:55603849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr3:55604147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798528.1
291 aa
N
1
146
291
RNase_PH
C
PF01138 RNase_PH 30-169 aa
XP_057798529.1
288 aa
N
1
144
288
RNase_PH
RNase_PH_C
C
PF01138 RNase_PH 30-169 aa PF03725 RNase_PH_C 199-263 aa
XP_057798530.1
260 aa
N
1
130
260
RNase_PH
RNase_PH
C
PF01138 RNase_PH 30-66 aa PF01138 RNase_PH 94-138 aa
XP_057798532.1
257 aa
N
1
128
257
RNase_PH
RNase_PH
RNase_PH_C
C
PF01138 RNase_PH 30-66 aa PF01138 RNase_PH 94-138 aa PF03725 RNase_PH_C 168-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798528.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 30 169 7.8e-27 95.0 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798529.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 30 169 1.4e-27 97.4 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798529.1 Pfam PF03725 RNase_PH_C Domain 199 263 2.9e-12 47.1 3' exoribonuclease family, domain 2
XP_057798530.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 30 66 1.4e-17 65.0 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798530.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 94 138 1.4e-17 65.0 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798532.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 30 66 7.6e-19 69.1 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798532.1 Pfam PF01138 RNase_PH Domain 94 138 7.6e-19 69.1 3' exoribonuclease family, domain 1
XP_057798532.1 Pfam PF03725 RNase_PH_C Domain 168 232 2.4e-12 47.3 3' exoribonuclease family, domain 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942546.1
CAAACATAAAGTGTATACAATTTAATTTTGAAATAGAAGACATGAAGAAAATTAGAAATAGGTTTCTGATTTCTGTCTTTTCGTATCGCTATCGTCTCTCTGCCGCTCTTTCTTTCTCGGTGCTCTCTCTCTCATTACTCTCTGCCGCTATCACTCTCTCTCTCGGCCTCTCTCTGCCGTTCCCAGGTCGCCACCGCTACCGGCTCCTCCGGTAGCCCGTGCCTCGCCGCCTCGGACCTCTCCAGCGCTGCAAGCAGCAG...
XM_057942545.1
TTTGAAATAGAAGACATGAAGAAAATTAGAAATAGGTTTCTGATTTCTGTCTTTTCGTATCGCTATCGTCTCTCTGCCGCTCTTTCTTTCTCGGTGCTCTCTCTCTCATTACTCTCTGCCGCTATCACTCTCTCTCTCGGCCTCTCTCTGCCGTTCCCAGGTCGCCACCGCTACCGGCTCCTCCGGTAGCCCGTGCCTCGCCGCCTCGGACCTCTCCAGCGCTGCAAGCAGCAGACAGCAGTAGTGCGCGACCTCGCCGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014544
ATGGTGGGGCTTTCTCTAGGGGAGCAAACATTTATAAAAGGTGGAATTGCTCAGGATCTACGTACTGATGGTAGGAAAAGATTAACCTACCGACCCATTTTTGTTGAAACTGGTATCATTCCTCAGGCAAGTGGCTCAGCCAGAGTGAAGCTGGGGGCAACAGATGTTATTGCAAGTGTGAAGGGCAGAGGGGGTGAGGAATTATCCACGGAGCTCTCTTCAGCACTTCAAAGGTGTTTGTTGGGTGGTAAAAGTGGTGC...
LOC131014544
ATGGTGGGGCTTTCTCTAGGGGAGCAAACATTTATAAAAGGTGGAATTGCTCAGGATCTACGTACTGATGGTAGGAAAAGATTAACCTACCGACCCATTTTTGTTGAAACTGGTATCATTCCTCAGGCAAGTGGCTCAGCCAGAGTGAAGCTGGGGGCAACAGATGTTATTGCAAGTGTGAAGGCTGAACTTGGAAAGCCAAACCCATCTTATCCCGACAAAGGAAAAGTTTCCATATATGTTGACTGTAGTCCGACCGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057798528.1
MVGLSLGEQTFIKGGIAQDLRTDGRKRLTYRPIFVETGIIPQASGSARVKLGATDVIASVKAELGKPNPSYPDKGKVSIYVDCSPTAEPSFEGRGGEELSTELSSALQRCLLGGKSGAGAGIDLSSLCIVRGKVCWDLYIDGLVVSSDGNVLDALGAAIKAALSDTAIPKVQVSANAPSDEQPEVDVSDEEFVQFDTSGVPVIVTLTKAKHSYFLHLRLSQCWGLYSETQRYMLTFAGRGALYCRCNYRRGVPDEFSCVC...
XP_057798529.1
MVGLSLGEQTFIKGGIAQDLRTDGRKRLTYRPIFVETGIIPQASGSARVKLGATDVIASVKAELGKPNPSYPDKGKVSIYVDCSPTAEPSFEGRGGEELSTELSSALQRCLLGGKSGAGAGIDLSSLCIVRGKVCWDLYIDGLVVSSDGNVLDALGAAIKAALSDTAIPKVQVSANAPSDEQPEVDVSDEEFVQFDTSGVPVIVTLTKVGGHYIVDATTEEESQMSSAVSVSISRLGRICGLTKRGGAGLDPTVILDMIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器