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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003709

染色体: Chr03 坐标: 56025679-56027088 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003709
名称SmilChr03G003709
描述CEN-like protein 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56025679 - 56027088 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014574
GeneID131014574
locus_tag-
NCBI NameLOC131014574
原始查询LOC131014574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CEN-like protein 1
产物CEN-like protein 1
ArabidopsisAT5G62040 (BFT)
PEBP (phosphatidylethanolamine-binding protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836324]
identity=66.1; qcov=1.01; evalue=2.19e-85; confidence=high
RiceOs12g0152000 (Rcn3)
-
identity=75.7; qcov=1; evalue=2.23e-98; confidence=high
GOGO:0009908 (flower development); GO:0010228 (vegetative to reproductive phase transition of meristem)
KEGG-
PfamPF01161 (PBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014574

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798569.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798569.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798569.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798569.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798569.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798569.1
173 aa
N
1
86
173
PBP
C
PF01161 PBP 58-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798569.1 Pfam PF01161 PBP Domain 58 162 8.1e-16 59.4 Phosphatidylethanolamine-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942586.1
GATTCCTAGTAATTAAGAAGTGGAAATTGAAGAAATGGTCTATTCCATGTGCCTCCTTCTCCCAAAAGTTGATTAATTGGCATCATCTGCTTTCCCAGCTCAGTAGCAAAGTTCTATCAGGCATGTTTTGTTGAGCACATAGACACCTTTTTTGTATGCATGCAGAGATTCCTAAGAATCTTTTCAACTTCAAATCCTAGCCCTCCACTTCACTATAAAAAGCCCCCTCACAACTTCAACATCTCTCACAACACAAAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014574
ATGTCGAGGTTGCTAGACTCTCTCTCCGTAGGCAGAGTTGTGGGAGAAGTTGTCGACAACTTCGTACCTTGTGTGAAGCTGATTGTAACATACAACAGCAACAAGCAAGTCTGCAATGGCCATGAGCTCATGCCTGCTGTCATTATGGCTAAACCACGAGTCGATATTGGTGGAGAAGACATGAGAGCTGCTTACACTCTTGTCATGACTGATCCTGATGTTCCAGGCCCTAGTGATCCATACTTGAGGGAGCATCTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798569.1
MSRLLDSLSVGRVVGEVVDNFVPCVKLIVTYNSNKQVCNGHELMPAVIMAKPRVDIGGEDMRAAYTLVMTDPDVPGPSDPYLREHLHWIVTDIPGTTDASFGRETVSYEAPKPVIGIHRYVFVLFKQRGRQTVRPPASRDCFNTRAFAEENGLGLPVAAVYFNAQRETACRRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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