Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003715

染色体: Chr03 坐标: 56118575-56123142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003715
名称SmilChr03G003715
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56118575 - 56123142 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014579
GeneID131014579
locus_tag-
NCBI NameLOC131014579
原始查询LOC131014579

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1
产物leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1
ArabidopsisAT5G07280 (EMS1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830619]
identity=56.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0917500 (MSP1)
-
identity=43.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798570.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798570.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798570.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798570.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798570.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56119103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B127,B32,B54,C23
Chr3:56119168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B97,C67
Chr3:56119171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:56119195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr3:56119214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C46
Chr3:56119247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B132,C16
Chr3:56119288 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 126 A10,A11,A14,A2,A21,A22,A3,A4,A6,A7,A9,B1,B100,B104,B105,B107,B109,B111,B113,B114,B115,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B13,B132,B133,B134,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B22,B26,B28,B29,B3,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B47,B53,B56,B59,B6,B66,B67,B68,B7,B71,B72,B76,B78,B79,B80,B81,B82,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C13,C14,C16,C17,C20,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C35,C37,C39,C4,C41,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C53,C55,C57,C60,C64,C66,C69,C70,C72,C78,C80,C86,C87,C9,D11,D3,D4,D5,D7
Chr3:56119307 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 98 A10,A11,A14,A2,A21,A3,A4,A6,A9,B1,B100,B104,B105,B109,B111,B113,B114,B115,B121,B123,B125,B126,B128,B133,B134,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B22,B26,B3,B33,B34,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B47,B53,B59,B6,B67,B68,B7,B71,B72,B79,B81,B82,B85,B88,B89,B9,B91,B94,B97,B98,C1,C11,C13,C17,C20,C23,C25,C27,C28,C35,C37,C39,C4,C41,C46,C48,C49,C5,C51,C53,C57,C60,C64,C66,C69,C78,C80,C86,C87,C9,D11,D3,D4,D5,D7
Chr3:56119372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B78,B80,C23,C87,D11
Chr3:56119428 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 3 C23,C87,D11
Chr3:56119428 C CTA 2bp_insertion CDS_variant 3 C23,C87,D11
Chr3:56119434 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 C23,C87,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798570.1
1295 aa
N
1
648
1295
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 22-58 aa PF00560 LRR_1 88-109 aa PF00560 LRR_1 112-133 aa PF00560 LRR_1 159-181 aa PF00560 LRR_1 209-230 aa PF00560 LRR_1 232-254 aa PF23598 LRR_14 245-405 aa PF00560 LRR_1 280-302 aa PF00560 LRR_1 379-398 aa PF00560 LRR_1 519-541 aa PF13855 LRR_8 543-602 aa PF00560 LRR_1 633-650 aa PF13855 LRR_8 656-711 aa PF00560 LRR_1 676-696 aa PF00560 LRR_1 700-722 aa PF00560 LRR_1 725-746 aa PF00560 LRR_1 749-770 aa PF00560 LRR_1 801-820 aa PF00560 LRR_1 823-844 aa PF00560 LRR_1 846-868 aa PF00069 Pkinase 1017-1285 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1019-1286 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798570.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 22 58 8.3e-10 39.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 88 109 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 112 133 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 159 181 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 230 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 232 254 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 245 405 1.2e-46 159.8 Leucine-rich repeat region
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 280 302 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 379 398 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 519 541 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 543 602 2.1e-56 188.2 Leucine rich repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 633 650 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 656 711 2.1e-56 188.2 Leucine rich repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 676 696 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 700 722 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 725 746 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 749 770 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 801 820 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 823 844 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 846 868 2.1e-74 229.9 Leucine Rich Repeat
XP_057798570.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1017 1285 1.1e-44 153.6 Protein kinase domain
XP_057798570.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1019 1286 6.2e-46 157.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942587.1
GTAAATAATGGCAGGGGATGCTTCTTAAGTGGAAGAATCAAAATCTGGATGAGTTGAAGACTGTCACACTCCCGCCTCCAAATGCTCTTTTTTGGGTTTGGGGACCTTTTCGTATTCTTTTGGAAGTGCTTTTGGCGAGGCCCCACCCCTCTTCAAACGACGCCGTCCTACCATGTTCCCACCAAACATAAGACAAAATTATGTCGCTTCCTCAAAAAACATTTCATCTCCCACAATTCAATTATAAATTAAAAAAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014579
ATGGCGATGAGCCTATTTTACTGCATTTTCGCTCTTATTCAACTGGGTTTCATGCCCTCAAACGCCTCCGACAGAGATAGCCTGCTGTCGTTGAAGAATTCTCTCGAAAATCCAGAAGCGCTGGTCTCATGGAGCCCTTCAACCTCTCACTGCAGGTGGACCGGTGTGCTGTGCGGGGGCGCCGACCGAGTCACGTCACTCGTTCTCTCCACTCGCCAACTCAGGGGTCCCCTCTCCGCTTCCCTCTTCTCCCTCACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798570.1
MAMSLFYCIFALIQLGFMPSNASDRDSLLSLKNSLENPEALVSWSPSTSHCRWTGVLCGGADRVTSLVLSTRQLRGPLSASLFSLTALIVLDLSNNDFSGQIPHEIASLTALKVLNLGYNHLTGELPAGLGQLSRLQTLRLGPNFLSGKIPPELGNLVKLESFDLSGNALTGSVPPHIGNLTRLQILALGNNFLTGTLPSNLFAKLSFLASFDVSNNSFTGKIPPEIGELSSLTELYIGENHFSGEFPPEIGQLSNLEIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器