当前解析结果
SmilChr03G003719| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003719 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003719 |
| 描述 | reticulon-like protein B2 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 56209835 - 56212438 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014584 |
|---|---|
| GeneID | 131014584 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014584 |
| 原始查询 | LOC131014584 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | reticulon-like protein B2 |
| 产物 | reticulon-like protein B2 |
| Arabidopsis | AT2G46170 (AT2G46170)Reticulon family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819224] identity=63.4; qcov=0.973; evalue=4.15e-110; confidence=high |
| Rice | Os05g0526400- identity=66.1; qcov=0.973; evalue=9.97e-118; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02453 (Reticulon) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014584 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057798577.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057798577.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798577.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798577.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798577.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:56210187 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B19,B78 |
Chr3:56210228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B133,C29 |
Chr3:56211277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C30 |
Chr3:56211296 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr3:56211301 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B75,B90,B92,C54 |
Chr3:56211304 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B75,B90,B92,C54 |
Chr3:56211424 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B101,B17,D8 |
Chr3:56211931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798577.1PF02453
Reticulon 73-228 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798577.1 |
Pfam | PF02453 |
Reticulon | Family | 73 | 228 | 1.3e-58 | 198.0 | Reticulon |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。