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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003742

染色体: Chr03 坐标: 56469131-56472688 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003742
名称SmilChr03G003742
描述probable inactive receptor kinase At4g23740
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56469131 - 56472688 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014606
GeneID131014606
locus_tag-
NCBI NameLOC131014606
原始查询LOC131014606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At4g23740
产物probable inactive receptor kinase At4g23740
ArabidopsisAT4G23740 (AT4G23740)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828474]
identity=56.7; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0223600
-
identity=57.6; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798614.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798614.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798614.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798614.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56470510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:56470530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B117,C27
Chr3:56470552 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 43 A15,A2,A23,A24,B102,B105,B110,B111,B112,B113,B114,B137,B14,B25,B27,B32,B43,B44,B49,B51,B52,B61,B74,B77,B82,B83,C15,C19,C21,C25,C26,C4,C45,C5,C57,C59,C61,C71,C82,C83,C86,D3,D8
Chr3:56470641 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 40 A15,A2,A24,B102,B105,B110,B111,B112,B113,B114,B120,B137,B139,B14,B25,B27,B32,B42,B49,B51,B61,B74,B77,B82,B83,B84,C15,C19,C21,C25,C26,C4,C45,C5,C57,C59,C71,C82,C83,C86
Chr3:56470680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C27
Chr3:56471205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:56471329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:56471874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:56471892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:56471922 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 28 A15,A18,A5,B122,B127,B130,B24,B3,B37,B40,B48,B50,B60,B67,B71,B75,B88,B95,C24,C36,C46,C54,C62,C72,C78,C86,C87,D3
Chr3:56472053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr3:56472059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798614.1
621 aa
N
1
310
621
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-62 aa PF00560 LRR_1 93-114 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 187-206 aa PF00069 Pkinase 321-582 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 321-582 aa
XP_057798615.1
621 aa
N
1
310
621
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-62 aa PF00560 LRR_1 93-114 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 187-206 aa PF00069 Pkinase 321-582 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 321-582 aa
XP_057798616.1
621 aa
N
1
310
621
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-62 aa PF00560 LRR_1 93-114 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 187-206 aa PF00069 Pkinase 321-582 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 321-582 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798614.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 62 1.4e-06 29.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057798614.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 93 114 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798614.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798614.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 206 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798614.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 321 582 1.7e-31 110.3 Protein kinase domain
XP_057798614.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 321 582 1.1e-32 114.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798615.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 62 1.4e-06 29.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057798615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 93 114 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 206 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798615.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 321 582 1.7e-31 110.3 Protein kinase domain
XP_057798615.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 321 582 1.1e-32 114.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798616.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 62 1.4e-06 29.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057798616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 93 114 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 206 2.8e-09 36.0 Leucine Rich Repeat
XP_057798616.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 321 582 1.7e-31 110.3 Protein kinase domain
XP_057798616.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 321 582 1.1e-32 114.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942632.1
GATATTACACACCCAATCAGTTATACTGATCCGATTATCAATATCATTATATCAGAATTCTTGGTTGTTGGGTAGCTGAGATTGGAAGTTTCTGATCCCTGTATCAGAGGGAATGGGAGAGAGTATGCATAGTGTTTGAGGGCTTTAAGGTTCTTGACTGAAGAGATACTAAGAGAAGAGATGGGAATCCAGTTGATCCTTTCGGCAGTGCTAGTGTGTGGTACTCTTTGCTTATTAGCTAGTACAGAACCTGTTGAGGA...
XM_057942633.1
ATCTAATTAAAAGAAAAAGTGAATACATCACCAAAATGTGATTTCATCTTAATGTAAACATGAATAAAGACATCATACACATTTCTCCAGCGTAGACATTCATCACAAACTTTTTTCACATATTTCAACATAAATCTAACACATGCTTTTTGGCTGCCCCTTGAAATCAATCCATTTTTATTGAATTTTCTTGTTTAATCTGCAACTAGTTACTGCTGCTGCCATCTTTACGCTACAGCACGTGCAGATCCCACTCTTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014606
ATGGGAATCCAGTTGATCCTTTCGGCAGTGCTAGTGTGTGGTACTCTTTGCTTATTAGCTAGTACAGAACCTGTTGAGGATAAATTTGCTTTGCTCGATTTCATTAGATACACTAACCATTCGCGGAGTTTGAATTGGGATGAGAGAACTTCTGCTTGCCATAGCTGGATTGGGATCACTTGCAATCATGATAGTTCAAGAGTCATAGCTGTTAGATTGCCTGCTGTTGGATTCAAAGGCAGAGTTCCTACCAACACTCT...
LOC131014606
ATGGGAATCCAGTTGATCCTTTCGGCAGTGCTAGTGTGTGGTACTCTTTGCTTATTAGCTAGTACAGAACCTGTTGAGGATAAATTTGCTTTGCTCGATTTCATTAGATACACTAACCATTCGCGGAGTTTGAATTGGGATGAGAGAACTTCTGCTTGCCATAGCTGGATTGGGATCACTTGCAATCATGATAGTTCAAGAGTCATAGCTGTTAGATTGCCTGCTGTTGGATTCAAAGGCAGAGTTCCTACCAACACTCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798614.1
MGIQLILSAVLVCGTLCLLASTEPVEDKFALLDFIRYTNHSRSLNWDERTSACHSWIGITCNHDSSRVIAVRLPAVGFKGRVPTNTLGRLSALQILSLRSNGISGPFPSDFLKLRNLSSLYLESNDFEGPLPLNLSVWENLSLLNLSNNRFNGRIPSSISSLTHLVALDLANNSLSGDVPDLNMPTLQVLNLSNNNLTGDVSQYLEKFPGSAFSGNNLSLQTHSASSPKPIQKKHSSKFSQSTILAIVIGSCVAAFIAIA...
XP_057798615.1
MGIQLILSAVLVCGTLCLLASTEPVEDKFALLDFIRYTNHSRSLNWDERTSACHSWIGITCNHDSSRVIAVRLPAVGFKGRVPTNTLGRLSALQILSLRSNGISGPFPSDFLKLRNLSSLYLESNDFEGPLPLNLSVWENLSLLNLSNNRFNGRIPSSISSLTHLVALDLANNSLSGDVPDLNMPTLQVLNLSNNNLTGDVSQYLEKFPGSAFSGNNLSLQTHSASSPKPIQKKHSSKFSQSTILAIVIGSCVAAFIAIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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