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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003775

染色体: Chr03 坐标: 56917900-56920640 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003775
名称SmilChr03G003775
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56917900 - 56920640 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014633
GeneID131014633
locus_tag-
NCBI NameLOC131014633
原始查询LOC131014633

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G49170 (EMB2261)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824078]
identity=57.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0212100
-
identity=51.3; qcov=0.904; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014633

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798648.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057798648.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798648.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798648.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798648.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56918030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:56918473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D11
Chr3:56918503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr3:56918581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:56918680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C7,C83
Chr3:56918782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr3:56918819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:56918827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:56918973 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr3:56918973 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr3:56919485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C81,D11
Chr3:56919491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798648.1
854 aa
N
1
427
854
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13812 PPR_3 95-131 aa PF01535 PPR 108-131 aa PF01535 PPR 138-167 aa PF01535 PPR 223-239 aa PF13041 PPR_2 238-286 aa PF01535 PPR 241-271 aa PF13812 PPR_3 341-393 aa PF01535 PPR 346-375 aa PF01535 PPR 420-445 aa PF01535 PPR 448-475 aa PF01535 PPR 519-548 aa PF13041 PPR_2 546-594 aa PF13812 PPR_3 547-593 aa PF01535 PPR 549-579 aa PF13812 PPR_3 570-630 aa PF01535 PPR 584-612 aa PF01535 PPR 622-645 aa PF20431 E_motif 664-726 aa PF20430 Eplus_motif 731-756 aa PF14432 DYW_deaminase 762-854 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798648.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 95 131 3.7e-36 123.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 108 131 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 138 167 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 223 239 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 238 286 7e-83 273.3 PPR repeat family
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 241 271 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 341 393 3.7e-36 123.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 346 375 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 420 445 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 448 475 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 519 548 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 546 594 7e-83 273.3 PPR repeat family
XP_057798648.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 547 593 3.7e-36 123.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 549 579 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 570 630 3.7e-36 123.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 584 612 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 622 645 9.8e-71 229.9 PPR repeat
XP_057798648.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 664 726 6e-21 75.2 E motif
XP_057798648.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 731 756 1.1e-06 29.0 E+ motif
XP_057798648.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 762 854 5.1e-42 142.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942665.1
TTTGTATTAAAAAAAAACAGAATATAAAAAGTAGACAGATAAATCCAGTAAAGAGAGGCGTTAGTAAGATAGAATGATAAGGCTCTCTTTGCCATCCGCCGCCTCTCCTCCGCTCAAACCCAAAAACCACTCCCGCCATAAAACCTCCACCGCTAAACCTCCCGATATCATCAGCTTCGAATCACTCAAGAGCTGTCTGATACGCCATGCCGATGTGGGCCGCGTCGATGAAGCAATCTCCATCCTTGATCTCATGTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014633
ATGATAAGGCTCTCTTTGCCATCCGCCGCCTCTCCTCCGCTCAAACCCAAAAACCACTCCCGCCATAAAACCTCCACCGCTAAACCTCCCGATATCATCAGCTTCGAATCACTCAAGAGCTGTCTGATACGCCATGCCGATGTGGGCCGCGTCGATGAAGCAATCTCCATCCTTGATCTCATGTCCCGCTCCAATCTCTGCCCGGATCTCACCACCTACTCCGTGCTCCTCAAGTCCTGTATCAGAACCCGAAACTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798648.1
MIRLSLPSAASPPLKPKNHSRHKTSTAKPPDIISFESLKSCLIRHADVGRVDEAISILDLMSRSNLCPDLTTYSVLLKSCIRTRNFQLGRAVHSKLAHSGLQLDAIVLNSLITLYSKCGDSRKAEEIFGSMGGARDLVSWSAMISGYAHSGLNFEAISLFFEMLEFGERPNQFCFSAAIRACSNREYARIGLVIFGFLMKTGYFESDVCVGCALIDLFAKGFGDLESAKKLFDEMPEKNSVSWTLMITRFMQMGSSMDAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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