Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003820`

染色体: Chr03 坐标: 57259763-57264670 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003820`
名称	SmilChr03G003820
描述	probable plastid-lipid-associated protein 14, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	57259763 - 57264670 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014676`
GeneID	`131014676`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014676`
原始查询	`LOC131014676`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable plastid-lipid-associated protein 14, chloroplastic
产物	probable plastid-lipid-associated protein 14%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G53450` (ORG1) OBP3-responsive protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835426] identity=56.8; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0655500` - identity=55.9; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF04755 (PAP_fibrillin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798704.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057798706.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057798704.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798706.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798706.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:57259841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr3:57259984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,C11,C69
`Chr3:57260011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr3:57260149`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B125,B23,C73
`Chr3:57260149`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B125,B23,C73
`Chr3:57260151`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B125,B23,C73
`Chr3:57260151`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B125,B23,C73
`Chr3:57260277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C48,C83
`Chr3:57262036`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D9
`Chr3:57262036`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D9
`Chr3:57262930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr3:57263019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A11,A23,A24,B100,B102,B103,B120,B137,B139,B25,B27,B61,B84,C21,C82,C86,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798704.1

677 aa

338

677

Pkinase

PAP_fibrillin

PF00069 Pkinase 237-406 aa PF04755 PAP_fibrillin 439-486 aa

XP_057798705.1

677 aa

338

677

Pkinase

PAP_fibrillin

PF00069 Pkinase 237-406 aa PF04755 PAP_fibrillin 439-486 aa

XP_057798706.1

638 aa

319

638

Pkinase

PAP_fibrillin

PF00069 Pkinase 197-367 aa PF04755 PAP_fibrillin 400-447 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798704.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	237	406	3.2e-08	34.0	Protein kinase domain
`XP_057798704.1`	Pfam	`PF04755`	PAP_fibrillin	Family	439	486	7.3e-08	33.3	PAP_fibrillin
`XP_057798705.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	237	406	3.2e-08	34.0	Protein kinase domain
`XP_057798705.1`	Pfam	`PF04755`	PAP_fibrillin	Family	439	486	7.3e-08	33.3	PAP_fibrillin
`XP_057798706.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	197	367	3.3e-08	34.0	Protein kinase domain
`XP_057798706.1`	Pfam	`PF04755`	PAP_fibrillin	Family	400	447	6.6e-08	33.5	PAP_fibrillin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942721.1
TAGATATTTTATGAAAAATTGAAGGCAGGCGGACGTAGACGCGCGAAGGGCTCATGTCGCAACGCTTCAAACGCTTTCTTACACGCCTCTCTCACACGCCTCTCTCTATTATATTTATTTACACTCCTTTCCTTCATTTCTCATCTCGCGGTTCTAACAATCCTTGGTCACCGCTGTAAACTGTTGATGGGAATTTGTGTTTGAATTGATTGTGATGGCGTTATATGCGGGAGTATGCTCAAGGTCGTCTTTTGATTTTG...

XM_057942723.1
GATATTTTATGAAAAATTGAAGGCAGGCGGACGTAGACGCGCGAAGGGCTCATGTCGCAACGCTTCAAACGCTTTCTTACACGCCTCTCTCACACGCCTCTCTCTATTATATTTATTTACACTCCTTTCCTTCATTTCTCATCTCGCGGTTCTAACAATCCTTGGTCACCGCTGTAAACTGTTGATGGGAATTTGTGTTTGAATTGATTGTGATGGCGTTATATGCGGGAGTATGCTCAAGGTCGTCTTTTGATTTTGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131014676
ATGGCGTTATATGCGGGAGTATGCTCAAGGTCGTCTTTTGATTTTGTTGATGTGCCATTTTCGAGACTATCGCGTGGCACTAATTTGTCAAAAAGACGAGTACTTTTGCCTGCGGTTCTGAGAGATAACAGCCTCCAGAAACAGAGGTCGAAAATTGGATGCTTTGCTTCAAGAGGAAATGCGACTCCTGAATTAGAATCTGAAGAGAATGCTAGTGTGAGTGGCTCCAAGGACGACGATGGTGATTTTAGCCATGTGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057798704.1
MALYAGVCSRSSFDFVDVPFSRLSRGTNLSKRRVLLPAVLRDNSLQKQRSKIGCFASRGNATPELESEENASVSGSKDDDGDFSHVIKFKMSDFKIHDSVSIGLGNRGDEVVYEATVKEASSPLFNTRVVLRRLVSTGAKRRGRRAIQVLKKLVRRRLMYHSYSMQVHGYVCSSTTDDSDSFVLVHGYHGSLSLRHWLQQSDWLPTLEATIALDVESVRRVGDVTVGGPAVSRQLRLIRILMRDLLIGVNYLHSHGLAHT...

XP_057798705.1
MALYAGVCSRSSFDFVDVPFSRLSRGTNLSKRRVLLPAVLRDNSLQKQRSKIGCFASRGNATPELESEENASVSGSKDDDGDFSHVIKFKMSDFKIHDSVSIGLGNRGDEVVYEATVKEASSPLFNTRVVLRRLVSTGAKRRGRRAIQVLKKLVRRRLMYHSYSMQVHGYVCSSTTDDSDSFVLVHGYHGSLSLRHWLQQSDWLPTLEATIALDVESVRRVGDVTVGGPAVSRQLRLIRILMRDLLIGVNYLHSHGLAHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器