Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003857`

染色体: Chr03 坐标: 57660289-57665120 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003857`
名称	SmilChr03G003857
描述	RNA-binding KH domain-containing protein RCF3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	57660289 - 57665120 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014689`
GeneID	`131014689`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014689`
原始查询	`LOC131014689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding KH domain-containing protein RCF3
产物	RNA-binding KH domain-containing protein RCF3
Arabidopsis	`AT5G53060` (RCF3) RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835386] identity=55.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0342500` (P0459H02.14) - identity=47.6; qcov=0.9; evalue=4.86e-168; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00013 (KH_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798724.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798724.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798724.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798724.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057798724.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:57661573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:57661688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B108,C23
`Chr3:57661719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:57661747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B108,B85,C23,C9
`Chr3:57662745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr3:57662766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B48
`Chr3:57662771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr3:57662937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C38,C79
`Chr3:57664083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B21,B63,C59
`Chr3:57664125`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B108,B85,C23,C9
`Chr3:57664353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B60,B79
`Chr3:57664397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798724.1

685 aa

342

685

KH_1

PF00013 KH_1 87-135 aa PF00013 KH_1 202-270 aa PF00013 KH_1 628-675 aa

XP_057798725.1

683 aa

342

683

KH_1

PF00013 KH_1 87-135 aa PF00013 KH_1 202-270 aa PF00013 KH_1 626-673 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798724.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	87	135	5.7e-37	126.0	KH domain
`XP_057798724.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	202	270	5.7e-37	126.0	KH domain
`XP_057798724.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	628	675	5.7e-37	126.0	KH domain
`XP_057798725.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	87	135	5.6e-37	126.0	KH domain
`XP_057798725.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	202	270	5.6e-37	126.0	KH domain
`XP_057798725.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	626	673	5.6e-37	126.0	KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942742.1
GTATTCGTATGTGGTCGCATCTGTTTTCACACACTACACGCACTAACAAACCAAATTATTTCACTGATAAAAAGGCGAAAATATAGGGCTGTGAATTCAATTACTACTCATCACAACATATTCTGATTTCGGAATAATCATGGCTTCTGCTCCAACAAGCTCAGAGCTCCACTAGAATTGCGAATCTGCCCCCAATTGGCAATTGCGACGACGTGTAGTATTGAAAAGGAATTGCAGGATTTGAATCTAAACCCTAATTT...

XM_057942741.1
TCGTATGTGGTCGCATCTGTTTTCACACACTACACGCACTAACAAACCAAATTATTTCACTGATAAAAAGGCGAAAATATAGGGCTGTGAATTCAATTACTACTCATCACAACATATTCTGATTTCGGAATAATCATGGCTTCTGCTCCAACAAGCTCAGAGCTCCACTAGAATTGCGAATCTGCCCCCAATTGGCAATTGCGACGACGTGTAGTATTGAAAAGGAATTGCAGGATTTGAATCTAAACCCTAATTTTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014689
ATGGAGAGATCGAGATCTAAGAGATACTATTATGACCAGGACTATGAATCTGAAACCCTACACTCCCGGAGCAAGCCGCGCTACGGCAACAATTCACACGGAGGTGGCGGCGGAGGCGGAGGTGGAGGTCACCATTATGCTCCGAGCTATCGGCGCTCTTCATCCTCCTCTGGCGGAGGCGGCGGTGGTGGTGGTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGAGGAAACTGCAGGATCATTCCTTGATGGTGACAACGAGCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057798724.1
MERSRSKRYYYDQDYESETLHSRSKPRYGNNSHGGGGGGGGGGHHYAPSYRRSSSSSGGGGGGGGGGGGGGGGRKLQDHSLMVTTSYRILCHDVKAGGVIGKSGSIIKAIRQHTGAWINVHELMQGDEERIIEISDTRRRDPDGRMPSFSPAQEALLLIHERILETDGGGGYGHNDGFVEDDNEEYGGRGGGGGPPGNRVVTRLVVSRMHVGCLLGKGGKIIEQMRMETKTHIRILPRDHTLPRCVAMSEEIVQVVGDMN...

XP_057798725.1
MERSRSKRYYYDQDYESETLHSRSKPRYGNNSHGGGGGGGGGGHHYAPSYRRSSSSSGGGGGGGGGGGGGGGGRKLQDHSLMVTTSYRILCHDVKAGGVIGKSGSIIKAIRQHTGAWINVHELMQGDEERIIEISDTRRRDPDGRMPSFSPAQEALLLIHERILETDGGGGYGHNDGFVEDDNEEYGGRGGGGGPPGNRVVTRLVVSRMHVGCLLGKGGKIIEQMRMETKTHIRILPRDHTLPRCVAMSEEIVQVVGDMN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器