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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003826

染色体: Chr03 坐标: 57363154-57365415 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003826
名称SmilChr03G003826
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 11-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57363154 - 57365415 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014702
GeneID131014702
locus_tag-
NCBI NameLOC131014702
原始查询LOC131014702

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 11-like
产物wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 11-like
ArabidopsisAT5G53390 (FOP1)
O-acyltransferase (WSD1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835420]
identity=46.2; qcov=0.994; evalue=8.81e-150; confidence=high
RiceOs05g0556300
-
identity=42.2; qcov=0.99; evalue=4.56e-131; confidence=medium
GOGO:0004144 (diacylglycerol O-acyltransferase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0019432 (triglyceride biosynthetic process); GO:0047196 (long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03007 (WS_DGAT_cat); PF06974 (WS_DGAT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057798740.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057798740.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798740.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798740.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798740.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57363979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:57364624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:57364852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:57364972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B42,B43,C64,C66
Chr3:57365344 TTC * 2bp_deletion CDS_variant 1 B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798740.1
488 aa
N
1
244
488
WS_DGAT_cat
WS_DGAT_C
C
PF03007 WS_DGAT_cat 64-262 aa PF06974 WS_DGAT_C 332-476 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798740.1 Pfam PF03007 WS_DGAT_cat Domain 64 262 6.4e-18 66.2 Wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase catalytic domain
XP_057798740.1 Pfam PF06974 WS_DGAT_C Domain 332 476 1.8e-47 161.8 WS/DGAT C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942757.1
TGGTTAATTACAGGCTTTACAGCAGTACTATCTCAACACTAACCAAAATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGTGGAAGGAAGGAGATGAAGAGCCCGCCAGCCCCAGCGCTCGATTGATGCAGGCACCGAAATTCAACCTCTGCATAATTTCAGTGATGGGCTACAACACCAAAATCGACACCAACTTATACAAGAAATGCGTCGAACAGACTCTCCTCAAGCACCCCCGCTTCGCCAGCATCCTAGTCGCGAACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014702
ATGTGGAAGGAAGGAGATGAAGAGCCCGCCAGCCCCAGCGCTCGATTGATGCAGGCACCGAAATTCAACCTCTGCATAATTTCAGTGATGGGCTACAACACCAAAATCGACACCAACTTATACAAGAAATGCGTCGAACAGACTCTCCTCAAGCACCCCCGCTTCGCCAGCATCCTAGTCGCGAACGACGGCAAGTGCCGTTGGAGGCGCACCAGCGTAGACGTGGACAACCACGTCTACGAAGTGGATTTGGATCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798740.1
MWKEGDEEPASPSARLMQAPKFNLCIISVMGYNTKIDTNLYKKCVEQTLLKHPRFASILVANDGKCRWRRTSVDVDNHVYEVDLDPDPDAESSDELVENYASNLSKIPLDSAKPLWEIHILNVETSDASATVLFKLHHSMGDGVSLMALCHACSRSISNPDALPAYPSSKERGRRRECRGTVMSFFVLVWTLLVISFNTLLDVALFLATIFFLEDSRTPVKAAGAGDGGGEPSRTRFVHRVVSLDDVKLVKTALNASIND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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