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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003842

染色体: Chr03 坐标: 57546187-57552597 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003842
名称SmilChr03G003842
描述hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57546187 - 57552597 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014707
GeneID131014707
locus_tag-
NCBI NameLOC131014707
原始查询LOC131014707

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
产物hsp70 nucleotide exchange factor FES1-like
ArabidopsisAT3G09350 (Fes1A)
Fes1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820091]
identity=69.8; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0822700 (OSJNBb0081B07.19)
-
identity=68.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08609 (Fes1); PF28415 (SIL1_FES1_HPBP1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798748.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798748.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057798748.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798748.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798748.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57551417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C78
Chr3:57551427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C13
Chr3:57551511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B89,C27,C87
Chr3:57551939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:57552032 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr3:57552032 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B17
Chr3:57552043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B120,B131
Chr3:57552078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B128,B53,B78,B89
Chr3:57552145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B16,B41,C15,D9
Chr3:57552192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B21,C69,C84
Chr3:57552242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr3:57552282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798748.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798749.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798750.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798751.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798752.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798754.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
XP_057798755.1
371 aa
N
1
186
371
Fes1
SIL1_FES1_HPBP1_C
C
PF08609 Fes1 9-95 aa PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C 91-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798748.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798748.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798749.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798749.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798750.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798750.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798751.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798751.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798752.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798752.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798754.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798754.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain
XP_057798755.1 Pfam PF08609 Fes1 Repeat 9 95 4.2e-13 50.8 Nucleotide exchange factor Fes1
XP_057798755.1 Pfam PF28415 SIL1_FES1_HPBP1_C Repeat 91 217 6.1e-16 59.3 SIL1/FES1/HPBP1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942765.1
TATAGATCTATCTGTAACGAAAATGGCATCCGGATGCAGCAGAATTTTCCAGCGATCTTCTGTTTCTGCCCTAAAATCGGCCATTTCGAAGCCAGCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTAACAGATCAGCCACCACTCCGTCCAATAGGCCCTCTCTATTTTCAAGTCCAGTCGCCTCTCCCCTCCGCCGCTTCTCTCTCTCTAGGGCACCGGCGGAGTTGGGAGGTGTGGCGTCGTTGCTGCCACTGCACAGTGCGGTGGCTA...
XM_057942769.1
TATAGATCTATCTGTAACGAAAATGGCATCCGGATGCAGCAGAATTTTCCAGCGATCTTCTGTTTCTGCCCTAAAATCGGCCATTTCGAAGCCAGCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTAACAGATCAGCCACCACTCCGTCCAATAGGCCCTCTCTATTTTCAAGTCCAGTCGCCTCTCCCCTCCGCCGCTTCTCTCTCTCTAGGGCACCGGCGGAGTTGGGAGGTGTGGCGTCGTTGCTGCCACTGCACAGTGCGGTGGCTA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131014707
ATGGCAAGAGAAGGCCCTAATTGGGAAGGATTGCTTAAGTGGAGTCTTTCCCACGCCGACGGTACTAACACTTCTCGCAGTTTGAGTGAGGAGGATAGAAGATGGTTTATGGAGGCGATGCAAGGGCAGACAATTGATGTTATTAAGCGAATGAAGGAGATAACACTTGTTATGAAGACCCCTGAGCAGGTTTTGGAGTCTCAGGGGGTGACTCCTCAAGATATTGAAGATATGTTGGATGAGCTACAAGAACATGTGGA...
LOC131014707
ATGGCAAGAGAAGGCCCTAATTGGGAAGGATTGCTTAAGTGGAGTCTTTCCCACGCCGACGGTACTAACACTTCTCGCAGTTTGAGTGAGGAGGATAGAAGATGGTTTATGGAGGCGATGCAAGGGCAGACAATTGATGTTATTAAGCGAATGAAGGAGATAACACTTGTTATGAAGACCCCTGAGCAGGTTTTGGAGTCTCAGGGGGTGACTCCTCAAGATATTGAAGATATGTTGGATGAGCTACAAGAACATGTGGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057798748.1
MAREGPNWEGLLKWSLSHADGTNTSRSLSEEDRRWFMEAMQGQTIDVIKRMKEITLVMKTPEQVLESQGVTPQDIEDMLDELQEHVESIDNANDLHSIGGLAPLLDYLRNPHANIRAKAADVVSTVVQNNPRSQQLVMEANGMEPLLSNFTSDPDVGVRTKALGAISSLIRHNKPGIAAFRLANGYAALRDALGSESVRFQRKALNLIHYLLSENHLDINVISELGFPRIMMHLASSEDSDVREAALRSLLDLARDRSEK...
XP_057798749.1
MAREGPNWEGLLKWSLSHADGTNTSRSLSEEDRRWFMEAMQGQTIDVIKRMKEITLVMKTPEQVLESQGVTPQDIEDMLDELQEHVESIDNANDLHSIGGLAPLLDYLRNPHANIRAKAADVVSTVVQNNPRSQQLVMEANGMEPLLSNFTSDPDVGVRTKALGAISSLIRHNKPGIAAFRLANGYAALRDALGSESVRFQRKALNLIHYLLSENHLDINVISELGFPRIMMHLASSEDSDVREAALRSLLDLARDRSEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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