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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003825

染色体: Chr03 坐标: 57336708-57338778 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003825
名称SmilChr03G003825
描述uncharacterized SmilChr03G003825
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57336708 - 57338778 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014713
GeneID131014713
locus_tag-
NCBI NameLOC131014713
原始查询LOC131014713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G27280 (AT2G27280)
coiled-coil protein (DUF2040) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817270]
identity=57.1; qcov=0.132; evalue=1.94e-09; confidence=weak
RiceOs08g0225900
-
identity=28.4; qcov=0.438; evalue=1.01e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798762.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798762.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798762.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798762.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057798762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57337186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B40
Chr3:57337224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:57337242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:57337245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:57337246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B135,C38,C62
Chr3:57337298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:57337315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B46,C48,D10
Chr3:57337496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:57337503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:57337545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A24,C61
Chr3:57338388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:57338423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942779.1
ATCTTTCCCTGCGCGCCTTTCAATTTTGAAATTTTGTTCTCAAAAATCCCTAAAACGCAACTGTTCAACCTCATAAAAAACTCTCAAGCTCAATTTTTTTCCCCCATCCAGTTAATCAATGGCGAGTCTCTCCGAATACGAAGAGGAAGACCGTAATAAGGCGTCGTCGTCGGTGGCGAAGCCGTTTAGCTCCTTCCTCGACCCCTCGGATCCGTTGGGGTTTCTGGAGAAGGTGTTTGAGTTCGTCGCGAGGGAGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014713
ATGGCGAGTCTCTCCGAATACGAAGAGGAAGACCGTAATAAGGCGTCGTCGTCGGTGGCGAAGCCGTTTAGCTCCTTCCTCGACCCCTCGGATCCGTTGGGGTTTCTGGAGAAGGTGTTTGAGTTCGTCGCGAGGGAGAGCAATCTGTTCAAGAGCGATTCACTGGTGAGGGATGTCAATGCGGTGGTGAGAATGGTGAATGATAAGGTGGAGGCGGAGGAGAGGAAAAGGAATGAAGAAGAGAAGAAGGCTGCTGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798762.1
MASLSEYEEEDRNKASSSVAKPFSSFLDPSDPLGFLEKVFEFVARESNLFKSDSLVRDVNAVVRMVNDKVEAEERKRNEEEKKAAERKAALAPVKKEVVAADKEAESQPDEAAKGPRAPSKLNGPEPPKMMTRAGYTTAETELICTLWAEATLNSRKSADQKAIPYWGDIKKRYNVIRPTGTMTREVKQIKSHFQRVHKDVKVWEAIYDKCKSNWGRDMSDDDQIVLQAQEIFQTNKNAHFKHLSAWRILRESQRCASIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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