当前解析结果
SmilChr03G003824| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003824 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003824 |
| 描述 | protein BOBBER 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 57326595 - 57330018 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014720 |
|---|---|
| GeneID | 131014720 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014720 |
| 原始查询 | LOC131014720 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BOBBER 1-like |
| 产物 | protein BOBBER 1-like |
| Arabidopsis | AT4G27890 (AT4G27890)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828902] identity=55.9; qcov=1.02; evalue=7.54e-108; confidence=high |
| Rice | Os06g0231300 (ROX3)- identity=81.2; qcov=0.569; evalue=1.64e-101; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04969 (CS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014720 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057798774.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057798774.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057798774.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057798774.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798774.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:57326816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B111,B12,B128,C54 |
Chr3:57327819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B63,B83,C32,C68 |
Chr3:57328220 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr3:57329783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,B77,C71 |
Chr3:57329849 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798774.1PF04969
CS 141-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798774.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 141 | 215 | 1.8e-22 | 80.7 | CS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。