当前解析结果
SmilChr03G003891| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003891 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003891 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003891 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 58000298 - 58001822 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014749 |
|---|---|
| GeneID | 131014749 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014749 |
| 原始查询 | LOC131014749 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0885200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os01g0885200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT1G57680 (Cand1)plasminogen activator inhibitor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842144] identity=27.6; qcov=0.861; evalue=5.48e-12; confidence=low |
| Rice | Os01g0885200- identity=24.6; qcov=0.927; evalue=3.63e-18; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27754 (UCP031277) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014749 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057798817.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057798817.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057798817.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798817.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798817.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:58000645 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B83 |
Chr3:58000645 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr3:58000657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,C72 |
Chr3:58000865 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B11 |
Chr3:58000865 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr3:58000929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C11,C39,C69 |
Chr3:58001143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr3:58001273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B32,B4,C25,C5 |
Chr3:58001462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr3:58001524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr3:58001548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B21,B45,C11,C69,C84 |
Chr3:58001558 |
C |
CTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798817.1PF27754
UCP031277 30-305 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798817.1 |
Pfam | PF27754 |
UCP031277 | Domain | 30 | 305 | 5e-45 | 154.6 | Uncharacterised conserved protein UCP031277 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。