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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003894`

染色体: Chr03 坐标: 58046887-58050554 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003894`
名称	SmilChr03G003894
描述	RING-H2 finger protein ATL73-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58046887 - 58050554 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014753`
GeneID	`131014753`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014753`
原始查询	`LOC131014753`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL73-like
产物	RING-H2 finger protein ATL73-like
Arabidopsis	`AT2G34990` (AT2G34990) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818063] identity=26.9; qcov=0.875; evalue=1e-17; confidence=low
Rice	`Os02g0676500` (OsRFPH2-2) - identity=39.5; qcov=0.889; evalue=2.9e-36; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endosome	内体	1.00000	`XP_057798822.1`
2	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057798822.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057798822.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057798822.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057798822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58050179`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B55,C7
`Chr3:58050189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:58050266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B12,C45
`Chr3:58050338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B64,C57
`Chr3:58050391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798822.1

208 aa

104

208

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 78-131 aa PF13639 zf-RING_2 88-131 aa PF17123 zf-RING_11 89-117 aa PF00097 zf-C3HC4 89-130 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798822.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	78	131	1e-08	36.0	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057798822.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	88	131	9.6e-13	48.9	Ring finger domain
`XP_057798822.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	89	117	1.2e-07	32.0	RING-like zinc finger
`XP_057798822.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	89	130	2.2e-05	24.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942839.1
ATTTGAGCATTGACAAGACCCACAAAATAATGAGATCACATTTGATGCTGCTACTCTCATATTTTGATGTGATTATTAGGGGTTTATTGTTTATAATATGAGTTGCAGTCAGCAAAATAGAGAAGTGGGACAGAAAATGGTGGGCACACTTATCTCCTCTGCCCACTGTGATTATGCATTAATCACAGCTCACTAAAATGGCAAGATATTTCAAATTTATTTTCCAATATTTAATTCTTGACAATTTGTCTCCATCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014753
ATGATAACTCCAGGCATAAATTTAGTGATGACTGTGATTGGATTTGGATTGAGTATCATGTTCATAGTGTTTGTGTGCACGAGGCTGATTTGTGCTAGGATACAATTGAGTGCATCACGCAGGTCTCTTGCCAGGGCAAATAGATCTGATCTTAGCAATTTGGAGAGGGGTTTTCATGGTCTCGAGCCTCTAGCGCTGGCCAACTTTCCTATGATGAAGTATAGAGAATTATGTTTGTCCTCAGAAGAAAATGCTTGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798822.1
MITPGINLVMTVIGFGLSIMFIVFVCTRLICARIQLSASRRSLARANRSDLSNLERGFHGLEPLALANFPMMKYRELCLSSEENACQRCTVCLGDYHDEDTLCVLPVCRHAFHATCIGIWLQQQSTCPVCRISLLELPERKWYMQPMFSQAVRSQHRMQSVNAHYCHCMANGNRQLSNHHVEEPSEGGAGHSNGREKSRKPESPSSNQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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