Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003915`

染色体: Chr03 坐标: 58248046-58251686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003915`
名称	SmilChr03G003915
描述	SEC12-like protein 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58248046 - 58251686 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014772`
GeneID	`131014772`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014772`
原始查询	`LOC131014772`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SEC12-like protein 1
产物	SEC12-like protein 1
Arabidopsis	`AT3G52190` (PHF1) phosphate transporter traffic facilitator1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824384] identity=61.1; qcov=0.854; evalue=8.22e-168; confidence=high
Rice	`Os07g0187700` (PHF1) - identity=56.9; qcov=0.825; evalue=1.22e-150; confidence=high
GO	GO:0003400 (GO:0003400); GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0009306 (protein secretion)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057798844.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057798844.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798844.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798844.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798844.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58248106`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	91	A1,A11,A16,A24,A4,A6,B100,B103,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B118,B120,B121,B122,B123,B127,B128,B131,B134,B136,B138,B15,B16,B24,B27,B29,B3,B30,B33,B34,B35,B36,B42,B43,B44,B48,B5,B50,B51,B55,B68,B69,B75,B78,B83,B90,B92,B95,B98,C1,C12,C16,C2,C23,C26,C28,C29,C3,C32,C36,C38,C4,C41,C42,C44,C45,C49,C51,C53,C56,C57,C59,C65,C68,C7,C71,C72,C78,C79,C8,C81,C86,C87,D11,D7,D8
`Chr3:58248111`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D11
`Chr3:58248111`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D11
`Chr3:58248114`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A25,A9,B100,B125,B17,B21,B23,B28,B39,B44,B45,B50,B53,B57,B60,B77,B90,B92,B97,C11,C69,C71,C73,C74,C84
`Chr3:58248150`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A3,B19,C22,C25,C57
`Chr3:58248150`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A3,B19,C22,C25,C57
`Chr3:58248222`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	A13,A20,A22,A23,A7,B102,B105,B106,B112,B133,B31,B64,B66,B7,B76,B86,B91,C30,C34,C35,C47,C54,C58,C6,C60,C75,D1,D10
`Chr3:58248253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:58248270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,A16,B88,C86
`Chr3:58248612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B76,C54
`Chr3:58249281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr3:58249332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798844.1

439 aa

220

439

WD40

PF00400 WD40 166-189 aa PF00400 WD40 202-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798844.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	166	189	9.4e-17	61.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057798844.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	202	232	9.4e-17	61.4	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942861.1
TTTTCTGAGATTCTTCCCCCCACTTGCATGCCGGAGTCCGCATACATATTATATATACATGGAGAGAGAGAGAGTCGCAATTTCCAATTTCAACTAACTTCAAACAAACAAAATCTCGATTTACCTAAAATTGCCTCAAAAACCCCAACGACCAAACCCCAATTTGCGTCCTCGAAGAAAATGGAGGGTATGGATGCTCCGGGGCAGGGGACAGTGACATGCGCCGCCTGGATTCGGCGGCCGGAGAACGCGCATTTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014772
ATGCCGGAGTCCGCATACATATTATATATACATGGAGAGAGAGAGAGTCGCAATTTCCAATTTCAACTAACTTCAAACAAACAAAATCTCGATTTACCTAAAATTGCCTCAAAAACCCCAACGACCAAACCCCAATTTGCGTCCTCGAAGAAAATGGAGGGTATGGATGCTCCGGGGCAGGGGACAGTGACATGCGCCGCCTGGATTCGGCGGCCGGAGAACGCGCATTTGGTAGCGGTGGGGAAATCAAAGCCGTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798844.1
MPESAYILYIHGERESRNFQFQLTSNKQNLDLPKIASKTPTTKPQFASSKKMEGMDAPGQGTVTCAAWIRRPENAHLVAVGKSKPSSIEIFSWNPITTSLSASPKAKYELGEGVDPVIIAVHPGGDELVCSTSTGDCKLFELYGREDKIKLTSKEQLLLQGIGPQKCLAFSVDGTRFATGGVDGCLRLFEWPKMLAILEEPRAHKSFQDMDFSLDSEFLATTSADGSAIIWNTSDGTPVTTLTRISDEKIELCRFSKDGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器