当前解析结果
SmilChr03G003925| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003925 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003925 |
| 描述 | NAC domain containing protein 52-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 58330695 - 58334025 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014782 |
|---|---|
| GeneID | 131014782 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014782 |
| 原始查询 | LOC131014782 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain containing protein 52-like |
| 产物 | NAC domain containing protein 52-like |
| Arabidopsis | AT3G10490 (NAC052)NAC domain containing protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820213] identity=44.1; qcov=1.17; evalue=1.48e-114; confidence=medium |
| Rice | Os05g0426200 (ONAC036)- identity=55.5; qcov=0.472; evalue=2.59e-69; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014782 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057798854.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798854.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798854.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057798854.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057798854.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:58330951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B132,B37,B63,B89 |
Chr3:58331103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C63 |
Chr3:58331179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B9,C22,C25 |
Chr3:58331201 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,C11,C69 |
Chr3:58331244 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:58331259 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B9,C16,C22,C25 |
Chr3:58331261 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C1 |
Chr3:58331274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,C63,C67 |
Chr3:58331340 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr3:58332032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B9,C22,C25 |
Chr3:58332131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,C11,C69 |
Chr3:58332319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798854.1PF02365
NAM 22-147 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798854.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 22 | 147 | 6e-47 | 159.9 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。