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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003937

染色体: Chr03 坐标: 58433387-58434963 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003937
名称SmilChr03G003937
描述uncharacterized SmilChr03G003937
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58433387 - 58434963 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014791
GeneID131014791
locus_tag-
NCBI NameLOC131014791
原始查询LOC131014791

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G22930 (AT5G22930)
enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]
identity=39.1; qcov=0.948; evalue=4.64e-47; confidence=medium
RiceOs05g0115100 (OJ1654_B10.11-2)
-
identity=32.5; qcov=0.889; evalue=1.51e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF07795 (DUF1635)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798863.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798863.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798863.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798863.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58433858 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B104,B99,C54,C81
Chr3:58433858 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 4 B104,B99,C54,C81
Chr3:58434082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:58434124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58434133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:58434394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B120,C7
Chr3:58434542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr3:58434569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798863.1
270 aa
N
1
135
270
DUF1635
C
PF07795 DUF1635 18-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798863.1 Pfam PF07795 DUF1635 Family 18 254 1.8e-63 215.1 Protein of unknown function (DUF1635)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942880.1
ATGCTTTTGGCCTTTTCTGTTTCTCTCCAACCATATGTCCCATGACCACACAAAAGTAGCAAAAGATATATATTTATAAAAGAAATTTGAAAAAATAAAAAAGAAAGAGAAGAAGCAACTACTCGAAAACCTTATAAGAAAGTGGAAAACAACCTCATTAACATTTCCCTTTGTGGTGCTCTTTTCTTTTTGCTACTCCAACAAACATACCTAACCAAAATGGAAGAACAATGCAGTCCTCTTAGCTGGGCTTACTACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014791
ATGGAAGAACAATGCAGTCCTCTTAGCTGGGCTTACTACTTTCAAGAAGAGGGGGTCGAGGATTTGAAGCAGTCGCTCTTCTACTCGACTCTGGAGCTTGAGGCCGCGGTCATCGCGTCCCACGAGGAGATTTCGAGGAAAGACGACGAGATTGCCCAACTGAAGGGCTTGCTAGCCAAGATCATCAAAGAGAGGGACGAATTCGAGACGAAATACCAACGACTTTCCTTGGAAAAACAGTTGGTTTTCCAACGAACCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798863.1
MEEQCSPLSWAYYFQEEGVEDLKQSLFYSTLELEAAVIASHEEISRKDDEIAQLKGLLAKIIKERDEFETKYQRLSLEKQLVFQRTQIQAHSSKQQPLDCPISSGTTSNEDENNALCPSDCDDSLVVASHGSKDSLPLIIPSQPAAEDVTDRVPIKKALPEQGKFLQAVMEAGPLLQTLLLAGPLPQWQHPPPQLSSGDIPPVTMSSPRSKLVHGHQDSCLISPTTSGGGFTNKRGMLNREASDFSPTSKYQKICSPINH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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