Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003954`

染色体: Chr03 坐标: 58592270-58595310 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003954`
名称	SmilChr03G003954
描述	uncharacterized SmilChr03G003954
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58592270 - 58595310 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014807`
GeneID	`131014807`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014807`
原始查询	`LOC131014807`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vacuolar acid trehalase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820204]; symbol=AT3G10405; hit=AT3G10405; species=arabidopsis; confidence=high
产物	vacuolar acid trehalase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820204]; symbol=AT3G10405; hit=AT3G10405; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G10405` (AT3G10405) vacuolar acid trehalase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820204] identity=64.7; qcov=0.799; evalue=1.18e-71; confidence=high
Rice	`Os10g0545100` - identity=64; qcov=0.703; evalue=9.5e-66; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12646 (DUF3783)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798885.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057798885.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798885.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798885.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798885.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58593313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B47,C53,C56
`Chr3:58593329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:58594277`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B111
`Chr3:58594277`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B111
`Chr3:58594299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A19,B24,B26
`Chr3:58594299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B24,B26
`Chr3:58595202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:58595211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798885.1

215 aa

108

215

DUF3783

PF12646 DUF3783 154-209 aa

XP_057798886.1

209 aa

104

209

DUF3783

PF12646 DUF3783 148-203 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798885.1`	Pfam	`PF12646`	DUF3783	Domain	154	209	2.7e-19	69.5	Domain of unknown function (DUF3783)
`XP_057798886.1`	Pfam	`PF12646`	DUF3783	Domain	148	203	2.9e-19	69.4	Domain of unknown function (DUF3783)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942903.1
ATATTCATCTGCAAGAATATGAATATCTAGTGTGGAAGATAGAGAAAACCAGTGTGGTGTGGTGATGGCTTCTTCACTCATCTCCAAACAAAATTTTCAGTTCCAATTCCCTTCTCTCTTTCTTCATCAACCAAACACACAGTTGCATTTGAAATCATGCATTCCAAATTTTCCTTCATCAGTTGAAGCTTTTTCTCATTTGAACCTCAAACTCAAGCACAGGACTTCAAGAGCCTCTTCTGAAGATCTTCCTTCTGAAT...

XM_057942902.1
CATCTGCAAGAATATGAATATCTAGTGTGGAAGATAGAGAAAACCAGTGTGGTGTGGTGATGGCTTCTTCACTCATCTCCAAACAAAATTTTCAGTTCCAATTCCCTTCTCTCTTTCTTCATCAACCAAACACACAGTTGCATTTGAAATCATGCATTCCAAATTTTCCTTCATCAGTTGAAGCTTTTTCTCATTTGAACCTCAAACTCAAGCACAGGACTTCAAGAGCCTCTTCTGAAGATCTTCCTTCTGAATTGGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014807
ATGGCTTCTTCACTCATCTCCAAACAAAATTTTCAGTTCCAATTCCCTTCTCTCTTTCTTCATCAACCAAACACACAGTTGCATTTGAAATCATGCATTCCAAATTTTCCTTCATCAGTTGAAGCTTTTTCTCATTTGAACCTCAAACTCAAGCACAGGACTTCAAGAGCCTCTTCTGAAGATCTTCCTTCTGAATTGGCTGAGGATTCCAAATTTGTCCCTTTAACTTCAGAGGATTCAAATTATGGCCCCCCTGCTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057798885.1
MASSLISKQNFQFQFPSLFLHQPNTQLHLKSCIPNFPSSVEAFSHLNLKLKHRTSRASSEDLPSELAEDSKFVPLTSEDSNYGPPVSSVVLCLALVTLPSIFWQQIQQFLKELDGEFLEVIFCTEDMINRSLWEAVNTKQSNLETLKVATSVPRICFLSGLTGEEMMMFIDAFPESGLEPPIFAALVPHSADKPLAELIDEIMGDHEMLSARQTS

XP_057798886.1
MASSLISKQNFQFQFPSLFLHQPNTQLHLKSCIPNFPSSVEAFSHLNLKLKHRTSRASSEDLPSELAEDSKFVPLTSEDSNYGPPALLLLGFQVEDAAKIQQFLKELDGEFLEVIFCTEDMINRSLWEAVNTKQSNLETLKVATSVPRICFLSGLTGEEMMMFIDAFPESGLEPPIFAALVPHSADKPLAELIDEIMGDHEMLSARQTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器