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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003946

染色体: Chr03 坐标: 58518743-58521751 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003946
名称SmilChr03G003946
描述uncharacterized SmilChr03G003946
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58518743 - 58521751 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014809
GeneID131014809
locus_tag-
NCBI NameLOC131014809
原始查询LOC131014809

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014809

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057798888.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798888.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057798887.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057798887.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057798887.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58520126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:58520135 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A1,A25,A5,B10,B136,B22,B32,B46,B60,B74,B76,B87,C20,C21,C23,C38,C42,C6,C70,C73,D4
Chr3:58520186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C72
Chr3:58520195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C17
Chr3:58520223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B106,B31,B86,C35
Chr3:58520225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:58520246 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A20,B19,B2,B56,B6,B66,B9,B96,C1,C17,C27,C30,C67,C75,D1
Chr3:58520633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C17
Chr3:58520648 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 39 A15,A16,A4,B111,B115,B12,B123,B129,B14,B15,B30,B35,B36,B42,B43,B5,B55,B63,B66,B78,B83,B85,B88,B93,B95,B98,C13,C20,C29,C3,C39,C52,C64,C66,C79,C86,C87,C9,D1
Chr3:58520885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B106,B31,B86,C35
Chr3:58521433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58521450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942904.1
GTTGGTGTCATGGTGCAAACTATTGGTTTCATCTTTTTTTTTTTTAACTGAAATTCATCTCAAAAGACTCAAATATTGTCTACTCTCTCACTCAGTATCGACTCTCTGTCTCTCTTGAAACGCACATGAGAAATTCCCAACAAATTTCTGTATAAATCGCGACAACTGGGATGAAATCCTGAAAAAATCGGAATGGTTTCAGCTAAGGGTAACGAGAAGGTAACTGATGCCGGGCGAAACGGCCGCGGCGGAGGCGACGA...
XM_057942905.1
ACCCCTTGAAAGATGAAATATGAATTTCTGTTACTTGGTTGTCTTTTCAGTGCTGCATTTGCTTGTTTTGCGTGTGGTTTTGCGTTCTCTAGTCGTATTGACGAAAATGTGGGTTTCTTAGTATAATTCCTTTTAGGGTTTTCGTGTTTCGTTTTATGTTTGGGTTGTGGGTGCATGCTCGATGAAATAAAGGTAATTCTGGGTAAAATTGTAAATTTGAAGTTCAAATTTTTACCTAAAGAGAAATGGATTTTAGCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014809
ATGCCGGGCGAAACGGCCGCGGCGGAGGCGACGATGACAAGACGAGGCGGAAACGGAAGATCCCCGGCGCGATTTGGTTTATCGATCATTCGGCGTACGAGGACGACGCCGAAGAGGATTCCAGCGATGATTCCAGCTACGATAGTGGTACCCGAGGAATCTGGTTATGGTGATGATGATCCTAACCCAAACTTTGTCATGGATTCTCAAGTTCTAACTCAAATTCTTAGAATACCATGGCAGAATATGTCCAACCTCCG...
LOC131014809
ATGTGTGCCATCTGCCAAAGATCCAACAACACGGAAAACAACCAAGTACCCGAGGAATCTGGTTATGGTGATGATGATCCTAACCCAAACTTTGTCATGGATTCTCAAGTTCTAACTCAAATTCTTAGAATACCATGGCAGAATATGTCCAACCTCCGAGGCCAACCCGTGAAGGCTGCGATAAAGGGTGCTTCAGCTCCCTCTACAGCTGCAACAGATGCGGAACTCATCCGATCGGTTCCACCAACGATTATTCCCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798887.1
MPGETAAAEATMTRRGGNGRSPARFGLSIIRRTRTTPKRIPAMIPATIVVPEESGYGDDDPNPNFVMDSQVLTQILRIPWQNMSNLRGQPVKAAIKGASAPSTAATDAELIRSVPPTIIPTVSQTLPPKWK
XP_057798888.1
MCAICQRSNNTENNQVPEESGYGDDDPNPNFVMDSQVLTQILRIPWQNMSNLRGQPVKAAIKGASAPSTAATDAELIRSVPPTIIPTVSQTLPPKWK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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