Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003960`

染色体: Chr03 坐标: 58638148-58646417 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003960`
名称	SmilChr03G003960
描述	kinesin-like protein KIN-UC
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58638148 - 58646417 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014815`
GeneID	`131014815`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014815`
原始查询	`LOC131014815`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	kinesin-like protein KIN-UC
产物	kinesin-like protein KIN-UC
Arabidopsis	`AT3G54870` (MRH2) Armadillo/beta-catenin repeat family protein / kinesin motor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824652] identity=57.6; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0152900` (KINUA) - identity=55.5; qcov=0.558; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0008574 (plus-end-directed microtubule motor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00225 (Kinesin); PF00514 (Arm); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057798895.1`
2	Phragmoplast	Phragmoplast	1.00000	`XP_057798895.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057798895.1`
4	Spindle	Spindle	0.60000	`XP_057798895.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798895.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58638420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B101
`Chr3:58638462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:58638647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C34
`Chr3:58638658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr3:58638712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B101,B15,C18,D8
`Chr3:58638829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C34
`Chr3:58638874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,B78,C78
`Chr3:58638928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B17,D9
`Chr3:58639049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B24,B26
`Chr3:58639068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr3:58639930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:58640612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798895.1

1079 aa

540

1079

Microtub_bd

Kinesin

Arm

PF16796 Microtub_bd 75-215 aa PF00225 Kinesin 80-413 aa PF00514 Arm 855-891 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798895.1`	Pfam	`PF16796`	Microtub_bd	Domain	75	215	5.2e-18	66.1	Microtubule binding
`XP_057798895.1`	Pfam	`PF00225`	Kinesin	Domain	80	413	5.7e-97	325.3	Kinesin motor domain
`XP_057798895.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	855	891	3.3e-17	62.6	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942912.1
ATTAAATTGCAGCAGAAGCAGAGCTTCTGAAAGTGGAATGATAATTTGCTGACACCAATTTGAACAGACAAAAGTCCAAGAAAAAGATTTCTCCTTAGTTTATCATTCAGAATTCAGATGTCAATGATATGAACCAAGACCGTGAACTCAACGCGGGAATTCATCAAAATGAAATCTTTTTTAGTAATTTAATGAGTGAAAAGAGTTGGGAGTAATCGTGCCGGCCTCAATGTTGGAGCATTCAACAAATCACTTTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014815
ATGGCTTCTTTGGGGAATGTGGGCAGAGCATCGCACAAGCCTGAGAGGCCCCGGCCATCGTCGTCGCCGCAGTCTGCTTCTTTGAGAAATAACGGCGGCGGTGCACAAGGCCAGCCGCATTCTGTCCGTTCCAAAGCTGCACCCTCCAATTCCAGACGCTCTGTCACGCCAACTTCAAGAACTCGCTCTCTCCCTCTTGATTCTGACCAAGAATCCGAAAGAGTGAGAGTTGCTGTTAGAATCCGACCTAAAAATGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798895.1
MASLGNVGRASHKPERPRPSSSPQSASLRNNGGGAQGQPHSVRSKAAPSNSRRSVTPTSRTRSLPLDSDQESERVRVAVRIRPKNAEDLSDVDHADCVELQPELKRLKLRKNNWSSESYRFDELFTESASQKRVYEAVAKPVVESVLDGYNGTVMAYGQTGTGKTYTLGRIGKDDASERGIMVRALEDILAGTSVSDTIEVSYLQLYMESIQDLLAPEKTNIPIVEDAKTGEVSVPGAEIVKIRKLDHFLQLMQLGEANR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器