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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003967

染色体: Chr03 坐标: 58720553-58722545 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003967
名称SmilChr03G003967
描述UPS-like protein C36.10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58720553 - 58722545 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014824
GeneID131014824
locus_tag-
NCBI NameLOC131014824
原始查询LOC131014824

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPS-like protein C36.10
产物UPS-like protein C36.10
ArabidopsisAT5G13070 (AT5G13070)
MSF1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831146]
identity=77; qcov=0.989; evalue=2.41e-110; confidence=high
RiceOs02g0717900
-
identity=51.4; qcov=0.978; evalue=1.03e-65; confidence=high
GOGO:0005758 (mitochondrial intermembrane space); GO:0015914 (phospholipid transport); GO:1990050 (phosphatidic acid transfer activity)
KEGG-
PfamPF04707 (PRELI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798905.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.80000 XP_057798905.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798905.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798905.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798905.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58720985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C37
Chr3:58721069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr3:58721162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:58721174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:58721266 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C27
Chr3:58721266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798905.1
185 aa
N
1
92
185
PRELI
C
PF04707 PRELI 16-178 aa
XP_057798906.1
185 aa
N
1
92
185
PRELI
C
PF04707 PRELI 16-178 aa
XP_057798908.1
185 aa
N
1
92
185
PRELI
C
PF04707 PRELI 16-178 aa
XP_057798909.1
185 aa
N
1
92
185
PRELI
C
PF04707 PRELI 16-178 aa
XP_057798910.1
185 aa
N
1
92
185
PRELI
C
PF04707 PRELI 16-178 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798905.1 Pfam PF04707 PRELI Family 16 178 1.4e-48 165.4 PRELI-like family
XP_057798906.1 Pfam PF04707 PRELI Family 16 178 1.4e-48 165.4 PRELI-like family
XP_057798908.1 Pfam PF04707 PRELI Family 16 178 1.4e-48 165.4 PRELI-like family
XP_057798909.1 Pfam PF04707 PRELI Family 16 178 1.4e-48 165.4 PRELI-like family
XP_057798910.1 Pfam PF04707 PRELI Family 16 178 1.4e-48 165.4 PRELI-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942922.1
AAAAGATTTGCCAAAAATAAATTGCAGAGACATTGTCTCCTAACTTAGTACAACGCAGAATTTATGATCCCATCACAACTATTTCACGCTCATGAGCCCTAGAAGCTGACGCCGCCGCCACCGCCACCGCCTCCAGTAATTTCCGCCGCCGACTAGCTACCGTTAAGATGGTTAGAGCATATTCTCAAGAACACACATACAAGCATCCATGGGAACGAGTAACAGCTGCGTCGTGGCGCAAATTTGCTGACCCTGAGAAC...
XM_057942926.1
AATTGCAGAGACATTGTCTCCTAACTTAGTACAACGCAGAATTTATGATCCCATCACAACTATTTCACGCTCATGAGCCCTAGAAGCTGACGCCGCCGCCACCGCCACCGCCTCCAGTAATTTCCGCCGCCGACTAGCTACCGTTAAGATTGCCTCAATTTATTCCTAGCTGCAGCCTATATTCTTCTTTGTCCAAGGACGTATTGTGAACATGACGATACAAGAATTTGTCTGGAGATGGTTAGAGCATATTCTCAAGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131014824
ATGGTTAGAGCATATTCTCAAGAACACACATACAAGCATCCATGGGAACGAGTAACAGCTGCGTCGTGGCGCAAATTTGCTGACCCTGAGAACAAACGCACGCTGTCTCACATTGTCGAGGTTGATACACTGAGCCACAAGCTCGAACGTAGCTCTGGCAAGCTGTACACTACTCGAGCTATAACTGTCCATGCTCCTGGGCCATGGTTCCTTCGTAAGATGATCGGCCAGGATATCTGTCACTGCGTTGAATCAACTGT...
LOC131014824
ATGGTTAGAGCATATTCTCAAGAACACACATACAAGCATCCATGGGAACGAGTAACAGCTGCGTCGTGGCGCAAATTTGCTGACCCTGAGAACAAACGCACGCTGTCTCACATTGTCGAGGTTGATACACTGAGCCACAAGCTCGAACGTAGCTCTGGCAAGCTGTACACTACTCGAGCTATAACTGTCCATGCTCCTGGGCCATGGTTCCTTCGTAAGATGATCGGCCAGGATATCTGTCACTGCGTTGAATCAACTGT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057798905.1
MVRAYSQEHTYKHPWERVTAASWRKFADPENKRTLSHIVEVDTLSHKLERSSGKLYTTRAITVHAPGPWFLRKMIGQDICHCVESTVVDAQARSMQLATRNISLEKFLEVEEKIRYDPHPEDPVGWTICRQETRITIKPLSALATMAEKIEQKCVEKFQHNSAKGREVMERICKYLEAESRGISA
XP_057798906.1
MVRAYSQEHTYKHPWERVTAASWRKFADPENKRTLSHIVEVDTLSHKLERSSGKLYTTRAITVHAPGPWFLRKMIGQDICHCVESTVVDAQARSMQLATRNISLEKFLEVEEKIRYDPHPEDPVGWTICRQETRITIKPLSALATMAEKIEQKCVEKFQHNSAKGREVMERICKYLEAESRGISA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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