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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003971

染色体: Chr03 坐标: 58743127-58747354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003971
名称SmilChr03G003971
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58743127 - 58747354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014827
GeneID131014827
locus_tag-
NCBI NameLOC131014827
原始查询LOC131014827

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
产物OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 12-like
ArabidopsisAT5G04250 (AT5G04250)
Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830304]
identity=52.3; qcov=1.09; evalue=1.74e-109; confidence=high
RiceOs03g0859800
-
identity=69; qcov=0.629; evalue=2.67e-98; confidence=high
GOGO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG-
PfamPF02338 (OTU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798915.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798915.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798915.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798915.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798915.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58743455 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B110,B32,B4,C25,C5,C76
Chr3:58743462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58743482 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B91,C13,C82
Chr3:58743482 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 B91,C13,C82
Chr3:58744155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58744173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C29
Chr3:58744528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C13,C82
Chr3:58744734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:58745348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:58745601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B73,C43,C49,D5
Chr3:58745665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C78
Chr3:58745804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798915.1
342 aa
N
1
171
342
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
XP_057798916.1
342 aa
N
1
171
342
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
XP_057798917.1
342 aa
N
1
171
342
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
XP_057798918.1
318 aa
N
1
159
318
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
XP_057798919.1
318 aa
N
1
159
318
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
XP_057798920.1
318 aa
N
1
159
318
OTU
C
PF02338 OTU 184-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798915.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.8e-12 48.6 OTU-like cysteine protease
XP_057798916.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.8e-12 48.6 OTU-like cysteine protease
XP_057798917.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.8e-12 48.6 OTU-like cysteine protease
XP_057798918.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.6e-12 48.7 OTU-like cysteine protease
XP_057798919.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.6e-12 48.7 OTU-like cysteine protease
XP_057798920.1 Pfam PF02338 OTU Domain 184 270 1.6e-12 48.7 OTU-like cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942937.1
GGCGATATAGTTTTTTTCGTCACGTATTCTACTAATCTACAAAATCGAAACTTCCCCAAGTAGAAGAGGTTTATCGTATTACGTTATTTAATTTATATTTTTTTTTATTTGACAAATATAATGTACACATTAATTAAGGTTAAGCAAATTATTTGATAATACTAATTTTGTAAAATAAACTACTAAATTCAATATATATTAAAACTACTCATAATCTCAATCAATTCCGTAACATTAATAAAAAAATATTTAATACAACA...
XM_057942932.1
AATAAATTTTCTCTTACATAAATAATGGTAGCAATATCCAACGGCTCCACTGAGGCGAAGCGCCACCCAATCCATTTCGTGAAATCGGGCCCACTTAACGGCTTTCCAAGAACAGGCCGTCGGCAGCCACCGGATTTTCGCGCCGCCTACTTTCACATTCCAGCGCCCATAATTCACCATTCCTTCGACTGTTTCACTTTATTGACTTTTCCTATTTATTTTTTTTCTCTAATTTTATTTTCGGTGGAGCACCTGTTCGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131014827
ATGACTATGTATGAGCAGGATCGTGATATGAGGTGGGATGGTTTTCACCTTATAGATGTTTGCTCTCTTTCAAATGGTTATCCAGAAACCGTCACATGTTACGCAAAGGATTTGTCTTGGACCGAGTCTGTGACGGAAGGTTTTTGTAATCCAGAACCCTCTTTTGAGGAAAATAATACACACGCGCCTCAGGAGGACTTCTCAAGGTTTCCTGCTGCATATCCATCAGAATTTTCGTCTACTGCAGATCACCATCATGG...
LOC131014827
ATGACTATGTATGAGCAGGATCGTGATATGAGGTGGGATGGTTTTCACCTTATAGATGTTTGCTCTCTTTCAAATGGTTATCCAGAAACCGTCACATGTTACGCAAAGGATTTGTCTTGGACCGAGTCTGTGACGGAAGGTTTTTGTAATCCAGAACCCTCTTTTGAGGAAAATAATACACACGCGCCTCAGGAGGACTTCTCAAGGTTTCCTGCTGCATATCCATCAGAATTTTCGTCTACTGCAGATCACCATCATGG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057798915.1
MTMYEQDRDMRWDGFHLIDVCSLSNGYPETVTCYAKDLSWTESVTEGFCNPEPSFEENNTHAPQEDFSRFPAAYPSEFSSTADHHHGESSAALDWPGNSEWHSSSGLQAGELSHENINQDCVPEIEDEPALYDEMGKRLNQMVPVPHVPKINGEIPSADEVSSDHERLLNRLQLYDLVELKILGDGNCQFRSLSDQIYRTPEHHNFVREQIVNQLKSQPEMYANYVPMAYGDYLKKMSKSGEWGDHVTLQAAADCYGVRI...
XP_057798916.1
MTMYEQDRDMRWDGFHLIDVCSLSNGYPETVTCYAKDLSWTESVTEGFCNPEPSFEENNTHAPQEDFSRFPAAYPSEFSSTADHHHGESSAALDWPGNSEWHSSSGLQAGELSHENINQDCVPEIEDEPALYDEMGKRLNQMVPVPHVPKINGEIPSADEVSSDHERLLNRLQLYDLVELKILGDGNCQFRSLSDQIYRTPEHHNFVREQIVNQLKSQPEMYANYVPMAYGDYLKKMSKSGEWGDHVTLQAAADCYGVRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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