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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003973

染色体: Chr03 坐标: 58757701-58763813 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003973
名称SmilChr03G003973
描述ABC transporter G family member 28-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58757701 - 58763813 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014831
GeneID131014831
locus_tag-
NCBI NameLOC131014831
原始查询LOC131014831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter G family member 28-like
产物ABC transporter G family member 28-like
ArabidopsisAT5G60740 (ABCG28)
ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836195]
identity=64.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0416900 (OsABCG28)
-
identity=59.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057798925.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057798925.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057798925.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798926.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798926.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58758051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B117,B85,C57
Chr3:58758314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr3:58758892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B71
Chr3:58758941 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C34
Chr3:58758941 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C34
Chr3:58758945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr3:58759482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B90,B92,C49,C87
Chr3:58759501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B9,B91,C13,C8,C82
Chr3:58759636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B53
Chr3:58759768 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B120,B53
Chr3:58759768 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B120,B53
Chr3:58759804 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B120,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798925.1
1100 aa
N
1
550
1100
ABC_tran
ABC2_membrane_7
C
PF00005 ABC_tran 509-661 aa PF19055 ABC2_membrane_7 690-1100 aa
XP_057798926.1
891 aa
N
1
446
891
ABC_tran
ABC2_membrane_7
C
PF00005 ABC_tran 300-452 aa PF19055 ABC2_membrane_7 481-891 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798925.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 509 661 4.2e-25 89.7 ABC transporter
XP_057798925.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 690 1100 1.7e-211 703.1 ABC-2 type transporter
XP_057798926.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 300 452 2.5e-25 90.4 ABC transporter
XP_057798926.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 481 891 1e-211 703.9 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942942.1
AATTGAAACAAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAACAAACTTTTAGATTATACAGCAACATAAAATATTACTAGTAAAATATTATGCTAAAAATTAAAATCGTTGAAGCGCTGAGCCTGCAGGCCAACTTTGTTCTGAACATGTGTGTAGCCAGTGTAGGTAGTTGCTCACCACTAAACTAAACTAGTCTACTGCATTTGCATCAACAATCTGCATTTGGTTTTGCTCCCAAATTGCACAATTCTTGGGCTGCCGA...
XM_057942943.1
GTGTGAGCCGGGATGGGCATGTGGCCTAGACAACGATGCTCCGGTTGACCTAAAGAATTCCCGAGATATACCACCAAGAGGTTCTGACTGTGATGCATGTTGCGAGGGCTTCTTTTGCCCTCAAGGCCTCACTTGCATGATGCCCTGCCCATTGGGTTCCTATTGCCCACTTGCTACATTGAATGCAGAAACAGGGAGATGCGACCCCAGCAATGCCGAATCATACTTGTGGTGGTGCAAACATGTGGGCAGATGCTCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014831
ATGAGCTTGAAGCTTCTGTGCCGCTCCAAATTGAAGTTTGATTTATGCGTCTGCATTTGCACACTCACAATCCTCTTGCCGTCCAGCTTGGTGCAGTGCCAATTGGATCAATTCACTCCGCCGTCTTTTGGATCTCCCACACAACTAGCTTACGCCGGTCTTTATAATCTCACCTCCGCTATTCTCTCCAGCAAACTTGTTCAAGATTACAGCTTTTGCATCCAGAATACGGAAGGTGAATGGAATACAGCTTTCAATTA...
LOC131014831
ATGCAGAAACAGGGAGATGCGACCCCAGCAATGCCGAATCATACTTGTGGTGGTGCAAACATGTGGGCAGATGCTCGCACAAACAGCGAGGTTTTCTGTTCTGCTGGTTCTTACTGTCCAACAAGTATCGAGCAGTTGCCATGTAGCGACGGGAATTACTGTCCGAAAGGCTCGACTGACGAGAAGCGGTGCTTCAGGTTGACTACATGTAATTCCAAATCAGAGAGTCAAAATATTCATGCATACGGAGTTATGCTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798925.1
MSLKLLCRSKLKFDLCVCICTLTILLPSSLVQCQLDQFTPPSFGSPTQLAYAGLYNLTSAILSSKLVQDYSFCIQNTEGEWNTAFNYSSDLSFLTACIAKTGDVTQRFCTAAEAEIYFGNLKSGGNSLKFNRNCNSSHWAEGCEPGWACGLDNDAPVDLKNSRDIPPRGSDCDACCEGFFCPQGLTCMMPCPLGSYCPLATLNAETGRCDPYTYKLPAAMPNHTCGGANMWADARTNSEVFCSAGSYCPTSIEQLPCSDG...
XP_057798926.1
MQKQGDATPAMPNHTCGGANMWADARTNSEVFCSAGSYCPTSIEQLPCSDGNYCPKGSTDEKRCFRLTTCNSKSESQNIHAYGVMLIAALSTLLLIIYNCSDQIITTRERRYAKSREAAARTVKEKTQARARWKVAKEAAKKHAIELHSQLSGRFSKKTMPNPDQVKILNDVESETADDSELSSAQPERKRTEASHLLGIPHGKEDSYSSSFDASNSEHRNTNIKKKIPKEKEIHTRSQIFKYAYSQLEREKAQQQRNKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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