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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003990

染色体: Chr03 坐标: 58929197-58933163 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003990
名称SmilChr03G003990
描述synaptotagmin-3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58929197 - 58933163 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014846
GeneID131014846
locus_tag-
NCBI NameLOC131014846
原始查询LOC131014846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述synaptotagmin-3
产物synaptotagmin-3
ArabidopsisAT5G04220 (SYTC)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830301]
identity=61.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0685300 (OsNTMC2T1.5)
-
identity=60.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF00168 (C2); PF17047 (SMP_LBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798945.1
2 Endosome 内体 0.20000 XP_057798945.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057798946.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057798945.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798946.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58929773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B72,B92,C50,C55,C60
Chr3:58930662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr3:58930688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B19,C23
Chr3:58930940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B65
Chr3:58930960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:58930969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:58930970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B138,C44
Chr3:58931008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B64,C44,C63,C67
Chr3:58931030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B54
Chr3:58931178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,C57
Chr3:58931215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58931248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B64,C44,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798945.1
545 aa
N
1
272
545
SMP_LBD
C2
C2
C
PF17047 SMP_LBD 67-247 aa PF00168 C2 261-362 aa PF00168 C2 427-528 aa
XP_057798946.1
490 aa
N
1
245
490
SMP_LBD
C2
C2
C
PF17047 SMP_LBD 12-192 aa PF00168 C2 206-307 aa PF00168 C2 372-473 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798945.1 Pfam PF17047 SMP_LBD Domain 67 247 9.1e-17 61.8 Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain
XP_057798945.1 Pfam PF00168 C2 Domain 261 362 1.8e-45 154.1 C2 domain
XP_057798945.1 Pfam PF00168 C2 Domain 427 528 1.8e-45 154.1 C2 domain
XP_057798946.1 Pfam PF17047 SMP_LBD Domain 12 192 6.7e-17 62.3 Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain
XP_057798946.1 Pfam PF00168 C2 Domain 206 307 1.3e-45 154.6 C2 domain
XP_057798946.1 Pfam PF00168 C2 Domain 372 473 1.3e-45 154.6 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942963.1
ATGAAAATTAAATAATTACGAAATTTGAACAAGAAAAATATTAAAAGTTGCAGACACCCGCATATAACCACTTTTTATTCTGTTGGTTCTTGCTGGTGCGACATCGTGACCCTAGGAGGATTTGTACGTTTTGTTTAAAGTTAAAAATCTATTTCGGAGTGTACGATGTTAATGCTTCTTTGTTTATTTGAGTATTTGTAATTTTGAAAAATCGTTGACGTGCGGCGTCTCCATCCATTGGCGGTTTGCACCGAGTTTCT...
XM_057942962.1
ATGAAAATTAAATAATTACGAAATTTGAACAAGAAAAATATTAAAAGTTGCAGACACCCGCATATAACCACTTTTTATTCTGTTGGTTCTTGCTGGTGCGACATCGTGACCCTAGGAGGATTTGTACGTTTTGTTTAAAGTTAAAAATCTATTTCGGAGTGTACGATGTTAATGCTTCTTTGTTTATTTGAGTATTTGTAATTTTGAAAAATCGTTGACGTGCGGCGTCTCCATCCATTGGCGGTTTGCACCGAGTTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014846
ATGGGATTGCTGAGCAGTTTGCTGGGAATGATTGGTTTTGGGATTGGGCTGCCGATTGGTCTCTTTATTGGTTTTTATTTGTTCGTTTACTCTGAATCCCAAGATGTTGAGGATCTGGAGACTCGGCCACTCAATGAGCTCGATACTGTTGCATTGGAAGACCTTATGCCCGAGATTCCCCTGTGGGTGAAAAGTCCTGACTACGACCGGGTAGATTGGTTGAACAAATTTATATCACATATGTGGCCTTTCATGGAGAA...
LOC131014846
ATGCCCGAGATTCCCCTGTGGGTGAAAAGTCCTGACTACGACCGGGTAGATTGGTTGAACAAATTTATATCACATATGTGGCCTTTCATGGAGAAGGCAATCTGCAACACAATTAGAAGCACGGCAGAACCGATTTTTGCAGAGTACATAGGGCAATTTAAGATAGAAGCCATTGAGTTCAAGAATCTAAGCCTTGGTAATCTTCCACCAACAGTTCATGGTCTTAAAGTCTCTGAGACGAACGAGAGGGAACTAGTGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798945.1
MGLLSSLLGMIGFGIGLPIGLFIGFYLFVYSESQDVEDLETRPLNELDTVALEDLMPEIPLWVKSPDYDRVDWLNKFISHMWPFMEKAICNTIRSTAEPIFAEYIGQFKIEAIEFKNLSLGNLPPTVHGLKVSETNERELVMEPAIRWAGNPNIIVAVTISSVQVTIQLVDLQVFAMPRVTLKPLVPTIPCFANIVVSLLEKPHIDFGVKVLGGDVMSIPGLYRYVQERIKKEVASLYLWPKSLEIPILDASTVAVKKPV...
XP_057798946.1
MPEIPLWVKSPDYDRVDWLNKFISHMWPFMEKAICNTIRSTAEPIFAEYIGQFKIEAIEFKNLSLGNLPPTVHGLKVSETNERELVMEPAIRWAGNPNIIVAVTISSVQVTIQLVDLQVFAMPRVTLKPLVPTIPCFANIVVSLLEKPHIDFGVKVLGGDVMSIPGLYRYVQERIKKEVASLYLWPKSLEIPILDASTVAVKKPVGILHVRVIRATKLLKMDLLGLSDPYVKLNLSGEKHPSKKTSVKKKTLNPEWNEEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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