Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002256`

染色体: Chr01 坐标: 39299623-39301646 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002256`
名称	SmilChr01G002256
描述	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39299623 - 39301646 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014848`
GeneID	`131014848`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014848`
原始查询	`LOC131014848`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
产物	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
Arabidopsis	`AT2G44800` (AT2G44800) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819089] identity=35.6; qcov=0.948; evalue=7.04e-66; confidence=medium
Rice	`Os08g0480200` (2ODD19) - identity=42.3; qcov=0.954; evalue=8.45e-91; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057798952.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057798952.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057798952.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798952.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798952.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39299801`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B53,C1,C4
`Chr1:39299801`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B53,C1,C4
`Chr1:39299835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:39299969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr1:39299983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr1:39300284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr1:39300317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C14,C74
`Chr1:39300331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B32,B40,C85,D2
`Chr1:39300341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A21,B130,C13
`Chr1:39300349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C13
`Chr1:39300367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:39300380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798952.1

347 aa

174

347

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 40-144 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 197-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798952.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	40	144	8.8e-26	91.6	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057798952.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	197	290	2.7e-28	98.9	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942969.1
AGAAACCACATTCCCATTTCCAGTGTCTCTCTATAAGTACCAGCTTCAAACACTTCCCCAAACCATCACTCACTCATTCATAAAAGAGAGATAGAGATACACAGAGAGAGAGAGAGAGACAATGGCTGCCGTAGCACAAAACTCGTTCGTGAAAGCCCTAGCAGAGTCTTCCACTCTCAAATCCATTCCATCCCACTTCACTTTCGCCACCGATTCCAAAGGCTCCCAATCCGATTCGCTCCCCATCATCGATTTCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014848
ATGGCTGCCGTAGCACAAAACTCGTTCGTGAAAGCCCTAGCAGAGTCTTCCACTCTCAAATCCATTCCATCCCACTTCACTTTCGCCACCGATTCCAAAGGCTCCCAATCCGATTCGCTCCCCATCATCGATTTCTCCCTCCTCAACTCCTCCGATCGCCACCAACGCTCCCAAACCCTCCGCCACCTTGACGATGCCTGCCGGGAATGGGGTTTCTTCATCTTGGTGAACCACGGGATCCCGGAAACTCTCCTCAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798952.1
MAAVAQNSFVKALAESSTLKSIPSHFTFATDSKGSQSDSLPIIDFSLLNSSDRHQRSQTLRHLDDACREWGFFILVNHGIPETLLKAIIEASVEFFELPEEEKRRYEAKSASDPIKSGSGSLINTADQRVHLWRDFVKSYVHPDFNCPRRPHSLREQLSEYSDQTRVVFRKLMHAIGENLGLEEGFVDEALKLDSCFQLYAANYYPPCPEPDQAIGIPAHTDHGLLTFLIHNGVAGLQIQHNGEWFDTISPQNAILVNNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器