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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003997`

染色体: Chr03 坐标: 59014374-59017640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003997`
名称	SmilChr03G003997
描述	auxin response factor 18-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59014374 - 59017640 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014854`
GeneID	`131014854`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014854`
原始查询	`LOC131014854`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin response factor 18-like
产物	auxin response factor 18-like
Arabidopsis	`AT4G30080` (ARF16) auxin response factor 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829131] identity=57.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0685700` (OsARF10) - identity=57.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009725 (response to hormone)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02362 (B3); PF06507 (ARF_AD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798955.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798955.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798955.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798955.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057798955.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59015269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr3:59015345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr3:59015353`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B138,B28,B59,C45,C52,C6
`Chr3:59015356`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B138,B28,B59,C45,C52,C6
`Chr3:59015389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:59015638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr3:59015704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C62,D6
`Chr3:59015825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:59015850`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C61
`Chr3:59015850`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C61
`Chr3:59016037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr3:59016097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B112,B117,B129,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798955.1

687 aa

344

687

ARF_AD

PF02362 B3 124-225 aa PF06507 ARF_AD 312-395 aa

XP_057798957.1

687 aa

344

687

ARF_AD

PF02362 B3 124-225 aa PF06507 ARF_AD 312-395 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798955.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	124	225	6.5e-24	84.5	B3 DNA binding domain
`XP_057798955.1`	Pfam	`PF06507`	ARF_AD	Domain	312	395	2e-32	111.6	Auxin response factor ancillary domain
`XP_057798957.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	124	225	6.5e-24	84.5	B3 DNA binding domain
`XP_057798957.1`	Pfam	`PF06507`	ARF_AD	Domain	312	395	2e-32	111.6	Auxin response factor ancillary domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942974.1
ACTCAAGAACAGCAGCAGCTACAAAATCCCATTCACTATAAATAAATAGGGCCAATTTATCTGCATCATTTGTCAATATCAATTCCCTCTGCCACCTTCTGGTCGGCAAACCAAAGCTTAACTTCAGAAATTTGTGAAGTGGGATTGAGAAATTTGAAGAAATGATTAACGTGATGCATTCTTTGAGCAAGCCGATGAATCAAGTGGAAAATTGCTTGGACCCTCAGCTATGGCATGCCTGTGCTGGTGGGATGGCTCAA...

XM_057942972.1
ATCATTTGTCAATATCAATTCCCTCTGCCACCTTCTGGTCGGCAAACCAAAGCTTAACTTCAGGTGTCTCTTCACTTCATCTCTCTCTAGAACTTAGTGTGTGTTCTCTCTTCACTTCATCTCTCTCTAGAACTTAGTGTGTGTTGTGTGTGTCTCTTGTATGTGTCTGTCCCTATATTTTCATGAAACTTACTCTCTTCGCACACTGTGCATAAATTCCCACTCTTCTTTCCCTCAACTACAACTCTGGTTCAACAGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014854
ATGATTAACGTGATGCATTCTTTGAGCAAGCCGATGAATCAAGTGGAAAATTGCTTGGACCCTCAGCTATGGCATGCCTGTGCTGGTGGGATGGCTCAAATCCCACCACCAAATTCCAAAGTCTATTATTTCCCTCAAGGTCATGCTGAACACGCCAATGAAAATGTTGATTTCACGAAATTTCCAAGAATCACACCTCTCATGCTGTGTAAAGTAGTCTCTATTAAGTACTTGGCTGATTCTGAGAGTGATGAAGTATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057798955.1
MINVMHSLSKPMNQVENCLDPQLWHACAGGMAQIPPPNSKVYYFPQGHAEHANENVDFTKFPRITPLMLCKVVSIKYLADSESDEVFAKIRLVPLIMNESDVCDDERGLLGIERNEEREKTNSFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSAEPPVQTILVKDVHGAVWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWSNFVNQKKLVAGDSIVFLRAENGDLCVGIRRAKRGIGGGAEVSCGWNTGIPALHGGFSGFLGENVGL...

XP_057798957.1
MINVMHSLSKPMNQVENCLDPQLWHACAGGMAQIPPPNSKVYYFPQGHAEHANENVDFTKFPRITPLMLCKVVSIKYLADSESDEVFAKIRLVPLIMNESDVCDDERGLLGIERNEEREKTNSFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSAEPPVQTILVKDVHGAVWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWSNFVNQKKLVAGDSIVFLRAENGDLCVGIRRAKRGIGGGAEVSCGWNTGIPALHGGFSGFLGENVGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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