Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002257`

染色体: Chr01 坐标: 39327723-39330932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002257`
名称	SmilChr01G002257
描述	cytochrome P450 714C2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39327723 - 39330932 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014856`
GeneID	`131014856`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014856`
原始查询	`LOC131014856`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 714C2-like
产物	cytochrome P450 714C2-like
Arabidopsis	`AT5G24910` (CYP714A1) cytochrome P450, family 714, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832560] identity=39.4; qcov=1.01; evalue=4.42e-139; confidence=medium
Rice	`Os12g0119000` (CYP714C2) - identity=47; qcov=0.975; evalue=5.9e-160; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057798965.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057798965.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798965.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798965.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39327909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:39328109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr1:39328249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:39329892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:39329949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:39330006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B29,B67,C75,D10
`Chr1:39330012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:39330396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B24,B27
`Chr1:39330433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B55
`Chr1:39330456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr1:39330459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B24,B27
`Chr1:39330531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B24,B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798965.1

522 aa

261

522

p450

PF00067 p450 84-490 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798965.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	84	490	4.4e-81	273.7	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942982.1
GAAATGCGTTGTGTCGTCTATATTGGCATCCATGTATCATCTCCCATTGTTAATTGTGCTTTTTGACGGTACAAATCACTTCCGAATTAAAATTATCCGGCTGAATTATTATTAAGCTAAAGATGGCATATCATCCAGATAAACCAATTTATTTTCCCTAATAATTCTTGTCCGCGCGTTTAGAGCAACTGCTATAAATAAATTACTAGATCACATGCTTCACTTCACATAAGCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014856
ATGGAGAATCATGTTTTACTGCAAATCATTGGCTCTTTTGCTGCAGTTGCCATTCTTGCTCTATTTCTCAAGCTGTACAGCACCTTGGTGGCGACGCCGCGGCGGCTGCAGCGCATGCTGAAACAGCAAGGCTTCGGAGGGCCCCCGCCGGCTCACTTCCTGCTGGGAAACATCATGGAAATCAAGAAGCCGCCACAGACCTCCACGACGGCGGAGGCGGCGCCTGCAGATCCTCACAACTTCGGACCTCAATTATACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798965.1
MENHVLLQIIGSFAAVAILALFLKLYSTLVATPRRLQRMLKQQGFGGPPPAHFLLGNIMEIKKPPQTSTTAEAAPADPHNFGPQLYSVFRKWRRQYGDIYTFLLGNTPVVVVDNYDVVRELTTSTSMDLGRPLYLAKDFEALLGKGISAANGKLWAYERKVMAPGMFIHKVKGMKNSVQQSALMLIDLWKGLIEAEGGKADIKIDDHLKKFAGDAISKVCFGSNYAEGEQIFQKITGLQLAIAKKGFFLGIPGMSYIPTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器