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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004011

染色体: Chr03 坐标: 59101317-59104691 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004011
名称SmilChr03G004011
描述uncharacterized SmilChr03G004011
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59101317 - 59104691 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014869
GeneID131014869
locus_tag-
NCBI NameLOC131014869
原始查询LOC131014869

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057798984.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798985.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798984.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798984.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798984.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59103138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:59103149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B85
Chr3:59103161 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 8 B117,B132,B37,B63,B89,C34,C8,C87
Chr3:59103166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:59103197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:59103211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,D9
Chr3:59103216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C72
Chr3:59103297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:59103298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:59103387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B85
Chr3:59103398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:59103403 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A25,B128,B9,B90,B92,C25,C49,C60,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943002.1
ACCGATGACGATTCCGAATGCAAGTGTTGTCGAGGTTACACCGACGCCCAGAAGATTGATATTGAAGATTTTGCTAAAAATGGATTCCGCGTCTTTAATAATACAAAGAAGCAATCGGCCTTTAAACCAATGGTTGGAAATCCTGATTCACAAGGAAACATCTCTAGACATGATCATGTGTATGAGAGAGAGGAGGGTGAATTGAACATAGGTTCAGATGCACAAGGAGAAGATATGTTTCCAATGGTAAATAGATTACT...
XM_057943003.1
ACCGATGACGATTCCGAATGCAAGTGTTGTCGAGGTTACACCGACGCCCAGAAGATTGATATTGAAGATTTTGCTAAAAATGGATTCCGCGTCTTTAATAATACAAAGAAGCAATCGGCCTTTAAACCAATGGTTGGAAATCCTGATTCACAAGGAAACATCTCTAGACATGATCATGTGTATGAGAGAGAGGAGGGTGAATTGAACATAGGTTCAGATGCACAAGGAGAAGATATGTTTCCAATGGTAAATAGATTACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014869
ATGGCTGGCAAACCGGGTGACAATCTACATCGTCTAGTAGCTTACGACTGGACTAACAAAGACTGCAAGGAACTCGGTATTCATAATTATGGCTTTCCAATTAAGAAACACCGCATGGAATGCTTTGAAATCAATGTGTTTTGTTATGTTGAGAGCAGCGTTGCGCTGCCCCATGGAGAGCCAATTGTTGGATCCGGATTTCTTAATCATCTTCCTGTAGTCGATGAACTTGACGACAACTATTGCGATTGCGATTGTCA...
LOC131014869
ATGGCTGGCAAACCGGGTGACAATCTACATCGTCTAGTAGCTTACGACTGGACTAACAAAGACTGCAAGGAACTCGGTATTCATAATTATGGCTTTCCAATTAAGAAACACCGCATGGAATGCTTTGAAATCAATGTGTTTTGTTATGTTGAGAGCAGCGTTGCGCTGCCCCATGGAGAGCCAATTGTTGGATCCGGATTTCTTAATCATCTTCCTGTAGTCGATGAACTTGACGACAACTATTGCGATTGCGATTGTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798984.1
MAGKPGDNLHRLVAYDWTNKDCKELGIHNYGFPIKKHRMECFEINVFCYVESSVALPHGEPIVGSGFLNHLPVVDELDDNYCDCDCHDDDSTEDDSECKCCRGYTDAYKIDIEDFAVNGFRILSDTEEVGPDISKKQLALKPTAGNPDAQGGKKKKKKKKKKKTPDAQGNISRHDQEGELNICSNAQGVDMFPMINRLFVGSIPVLAFSIIQLDPESSDHHQYKKQGGLNFAHHLTKTEGMLS
XP_057798985.1
MAGKPGDNLHRLVAYDWTNKDCKELGIHNYGFPIKKHRMECFEINVFCYVESSVALPHGEPIVGSGFLNHLPVVDELDDNYCDCDCHDDDSTEDDSECKCCRGYTDAYKIDIEDFAVNGFRILSDTEEVGPDISKKQLALKPTAGNPDAQGGKKKKKKKKKKKTPDAQGNISRHDQEGELNICSNAQGVDMFPMINRLFVGSIPVLAFSIIQLDPESSDHHQYKKQGGLNFAHHLTKTEAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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