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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004012

染色体: Chr03 坐标: 59106648-59109420 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004012
名称SmilChr03G004012
描述uncharacterized SmilChr03G004012
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59106648 - 59109420 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014871
GeneID131014871
locus_tag-
NCBI NameLOC131014871
原始查询LOC131014871

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]; symbol=AT4G25030; hit=AT4G25030; species=arabidopsis; confidence=high
产物Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]; symbol=AT4G25030; hit=AT4G25030; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G25030 (AT4G25030)
Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]
identity=64.2; qcov=0.972; evalue=9.11e-144; confidence=high
RiceOs07g0159500
-
identity=60.5; qcov=0.923; evalue=3.6e-120; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014871

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057798988.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057798988.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057798988.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798988.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798988.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59107995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:59108042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B65
Chr3:59108054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:59108273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:59108284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B52,C61
Chr3:59108320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B63
Chr3:59108405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:59108445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:59108648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B24,C36
Chr3:59108819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:59108919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C64,C66
Chr3:59108957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,B93,C31,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943005.1
AACAAAGAAAAATATCTGAATTCTTATCAAAAATAAAAATTTGTAGAGAAAATACAAATTAGGCGTTAGGTGCACACGCGCCCCCTCATTTGGCGTGTGGAGTAGTTAAGCCCTACGTCGTCGTTTACTTCTTCCTTCTGACAAAAATTCCAACTTTTGTACAACTTCGCCAATTCTCCTTCTCTCTACCGTCCTCACCTACTCCGAATCCTCAATCCCTCTTTTCTCTCTCTAAAGATCCAATTTTGCTCGAGGGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014871
ATGGATTTTTTCTTTGGAAACTCGAATGGGGGATCTTCAAATTTTGACCAGGACATTTTTAGGTGTCCATTTCTGAGGAACATCAATGCACCAACTAACTTCTCCTTCACATCATCAATGGCTTTCCCTATTCCTGCACGGGATGGAAAGGGCCCCATATTTGAGGATGGTCCCAATTTTGATATGGCATTTAGGCTCTTCCATGGGCAAAATGGTGTTGTTCCGCTTTCCGGCAGGGCATTTCTTCCAACTCAGAAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798988.1
MDFFFGNSNGGSSNFDQDIFRCPFLRNINAPTNFSFTSSMAFPIPARDGKGPIFEDGPNFDMAFRLFHGQNGVVPLSGRAFLPTQKSQSEPSPAQFNPLAAKAATISLSGFGAGGPFGFDAFFEKWGKDNKKPKPSKKESSSKGGKSGHEAMSDDWLQKGNCPIAKSYRAVSSVLPLVAKVLQPPPGINYRCPPAIVAARSALAKTAFAKNLRPQPLPAKVLVIGLLGMAANIPLGIWREHTEKFSPSWFVAVHAAVPFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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