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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004055

染色体: Chr03 坐标: 59494761-59499878 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004055
名称SmilChr03G004055
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-8
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59494761 - 59499878 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014872
GeneID131014872
locus_tag-
NCBI NameLOC131014872
原始查询LOC131014872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-8
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-8
ArabidopsisAT1G50180 (AT1G50180)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440]
identity=26.5; qcov=0.693; evalue=5.46e-66; confidence=low
RiceOs08g0424700 (P0456B03.103)
-
identity=28.9; qcov=0.708; evalue=4.59e-72; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014872

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057798989.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798989.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798989.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798989.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59495077 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A22,A24,B102,B103,B131,B136,B44,B59,B61,B73,B90,B92,B93,C21,C26,C40,C47,C51,C53,C55,C63,C67,C71,D2
Chr3:59495085 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 20 A22,A24,B102,B131,B136,B44,B59,B90,B92,C21,C26,C40,C47,C51,C53,C55,C63,C67,C71,D2
Chr3:59495086 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 20 A22,A24,B102,B131,B136,B44,B59,B90,B92,C21,C26,C40,C47,C51,C53,C55,C63,C67,C71,D2
Chr3:59495089 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 21 A20,A22,A24,B102,B131,B136,B44,B59,B90,B92,C21,C26,C40,C47,C51,C53,C55,C63,C67,C71,D2
Chr3:59495092 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 6 B103,B73,B99,C79,C83,C85
Chr3:59495103 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 20 A22,A24,B102,B131,B136,B44,B59,B90,B92,C21,C26,C40,C47,C51,C53,C55,C63,C67,C71,D2
Chr3:59495351 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 7 B106,B120,B125,B139,B45,C51,C7
Chr3:59495375 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B112
Chr3:59495375 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B112
Chr3:59495389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C33,D11
Chr3:59495509 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr3:59495509 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798989.1
1278 aa
N
1
639
1278
NB-ARC
WHD_DRP
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 137-308 aa PF23559 WHD_DRP 391-463 aa PF00931 NB-ARC 905-1079 aa PF23559 WHD_DRP 1168-1234 aa
XP_057798990.1
1240 aa
N
1
620
1240
NB-ARC
WHD_DRP
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 137-308 aa PF23559 WHD_DRP 391-463 aa PF00931 NB-ARC 867-1041 aa PF23559 WHD_DRP 1130-1196 aa
XP_057798991.1
1237 aa
N
1
618
1237
NB-ARC
WHD_DRP
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 137-308 aa PF23559 WHD_DRP 391-463 aa PF00931 NB-ARC 864-1038 aa PF23559 WHD_DRP 1127-1193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798989.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 137 308 1.8e-77 259.6 NB-ARC domain
XP_057798989.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 391 463 5.8e-32 110.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057798989.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 905 1079 1.8e-77 259.6 NB-ARC domain
XP_057798989.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 1168 1234 5.8e-32 110.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057798990.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 137 308 1.6e-77 259.7 NB-ARC domain
XP_057798990.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 391 463 5.4e-32 110.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057798990.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 867 1041 1.6e-77 259.7 NB-ARC domain
XP_057798990.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 1130 1196 5.4e-32 110.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057798991.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 137 308 1.6e-77 259.7 NB-ARC domain
XP_057798991.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 391 463 5.3e-32 110.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057798991.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 864 1038 1.6e-77 259.7 NB-ARC domain
XP_057798991.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 1127 1193 5.3e-32 110.4 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943008.1
CTCTCCCCTCTGTGTCGACTCTGGAGTGTCGGTTCTCTCTCTCTCGCACATAGACTCAGCATCAGTATGGCAGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTTGCTCAAACTACACATCTCAATACATATCAACATCAATCTCTCTTTTCTTCCGAAGCAGAAGAAAAAGTTAGATCAATCCACGACTATGTCAGTTTCTTGCTATTGTTCTTTGAAGATTTTCCACAGAAAGTCAACCGTTGGGAAGGAAGGATCAGGGACGCAGC...
XM_057943007.1
CTCTCCCCTCTGTGTCGACTCTGGAGTGTCGGTTCTCTCTCTCTCGCACATAGACTCAGCATCAGTATGGCAGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTTGCTCAAACTACACATCTCAATACATATCAACATCAATCTCTCTTTTCTTCCGAAGCAGAAGAAAAAGTTAGATCAATCCACGACTATGTCAGTTTCTTGCTATTGTTCTTTGAAGATTTTCCACAGAAAGTCAACCGTTGGGAAGGAAGGATCAGGGACGCAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014872
ATGGCAGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTTGCTCAAACTACACATCTCAATACATATCAACATCAATCTCTCTTTTCTTCCGAAGCAGAAGAAAAAGTTAGATCAATCCACGACTATGTCAGTTTCTTGCTATTGTTCTTTGAAGATTTTCCACAGAAAGTCAACCGTTGGGAAGGAAGGATCAGGGACGCAGCTTATCAAATCGAGGATATTATTGAAGTTTTTATCTGTCACCGAATTCAGCGTCATCCATCACGCGT...
LOC131014872
ATGGCAGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTTGCTCAAACTACACATCTCAATACATATCAACATCAATCTCTCTTTTCTTCCGAAGCAGAAGAAAAAGTTAGATCAATCCACGACTATGTCAGTTTCTTGCTATTGTTCTTTGAAGATTTTCCACAGAAAGTCAACCGTTGGGAAGGAAGGATCAGGGACGCAGCTTATCAAATCGAGGATATTATTGAAGTTTTTATCTGTCACCGAATTCAGCGTCATCCATCACGCGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798989.1
MAAYAALLSLAQTTHLNTYQHQSLFSSEAEEKVRSIHDYVSFLLLFFEDFPQKVNRWEGRIRDAAYQIEDIIEVFICHRIQRHPSRVKLEDQLQNVMEEIGLVAGEVMEERPTYLPASSSSSSRLASTGNDAVIGLDDDITAIKERLCGQSPNLRVVPIVGMGGIGKTTLAKAVYDDQLIIERFDIRAWVVASQDYSPHRFRKLLLDSMKLLEDQMSADVIDESDIELKVYKKLKGWRYLIVIDDVWGTNIWDDVRYMFP...
XP_057798990.1
MAAYAALLSLAQTTHLNTYQHQSLFSSEAEEKVRSIHDYVSFLLLFFEDFPQKVNRWEGRIRDAAYQIEDIIEVFICHRIQRHPSRVKLEDQLQNVMEEIGLVAGEVMEERPTYLPASSSSSSRLASTGNDAVIGLDDDITAIKERLCGQSPNLRVVPIVGMGGIGKTTLAKAVYDDQLIIERFDIRAWVVASQDYSPHRFRKLLLDSMKLLEDQMSADVIDESDIELKVYKKLKGWRYLIVIDDVWGTNIWDDVRYMFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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