当前解析结果
SmilChr03G004071| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004071 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004071 |
| 描述 | long-chain-alcohol oxidase FAO4A |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 59682802 - 59685828 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014888 |
|---|---|
| GeneID | 131014888 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014888 |
| 原始查询 | LOC131014888 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | long-chain-alcohol oxidase FAO4A |
| 产物 | long-chain-alcohol oxidase FAO4A |
| Arabidopsis | AT4G19380 (AT4G19380)Long-chain fatty alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827679] identity=54.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0475100- identity=42.9; qcov=0.955; evalue=4.64e-179; confidence=medium |
| GO | GO:0046577 (long-chain-alcohol oxidase activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00732 (GMC_oxred_N); PF05199 (GMC_oxred_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014888 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057799015.1 |
| 2 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.80000 | XP_057799015.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057799015.1 |
| 4 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057799015.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799015.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:59683148 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A19,A22,B139,C11,C13,C14,C16,C76,C9 |
Chr3:59683155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr3:59683160 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,C14,C16,C76 |
Chr3:59683175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B36,C76,C9 |
Chr3:59683235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr3:59683257 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C44 |
Chr3:59683257 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:59683295 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 96 | A11,A15,A2,A20,A24,A25,A3,A4,A7,B101,B102,B106,B109,B11,B110,B113,B115,B117,B120,B122,B128,B13,B131,B132,B139,B15,B19,B2,B20,B24,B26,B27,B28,B29,B30,B35,B37,B38,B40,B45,B48,B49,B54,B56,B57,B63,B64,B65,B68,B71,B74,B78,B79,B89,B93,B94,B98,B99,C10,C11,C14,C16,C17,C2,C20,C21,C23,C26,C3,C31,C34,C36,C38,C39,C4,C41,C46,C50,C51,C52,C55,C56,C59,C61,C67,C69,C70,C73,C74,C75,C79,C86,C9,D1,D10,D5 |
Chr3:59683297 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 85 | A11,A15,A2,A24,A3,A4,A7,B101,B106,B109,B11,B110,B113,B115,B117,B120,B122,B124,B13,B131,B132,B133,B139,B15,B19,B2,B20,B24,B26,B28,B29,B30,B35,B38,B40,B41,B45,B48,B49,B54,B56,B57,B63,B64,B65,B71,B74,B79,B89,B93,B94,B96,B98,B99,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C21,C23,C3,C31,C34,C36,C38,C39,C4,C41,C46,C50,C52,C55,C59,C61,C69,C70,C73,C74,C79,C86,C9,D1,D10 |
Chr3:59683370 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B55,B81,C56 |
Chr3:59683416 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A19,A5,A9,B55,B99,C11,C13,C23,C24,C42,C45,C74,C85,D10 |
Chr3:59683440 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A5,A9,B29,B55,B99,C11,C23,C24,C31,C42,C45,C59,C74,C85,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799015.1PF00732
GMC_oxred_N 270-491 aa
PF05199
GMC_oxred_C 589-716 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799015.1 |
Pfam | PF00732 |
GMC_oxred_N | Domain | 270 | 491 | 1.7e-67 | 228.1 | GMC oxidoreductase |
XP_057799015.1 |
Pfam | PF05199 |
GMC_oxred_C | Domain | 589 | 716 | 1.7e-22 | 81.2 | GMC oxidoreductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。