Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004075`

染色体: Chr03 坐标: 59699018-59702106 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004075`
名称	SmilChr03G004075
描述	protein GAMETE EXPRESSED 1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59699018 - 59702106 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014895`
GeneID	`131014895`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014895`
原始查询	`LOC131014895`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein GAMETE EXPRESSED 1-like
产物	protein GAMETE EXPRESSED 1-like
Arabidopsis	`AT5G55490` (GEX1) gamete expressed protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835642] identity=50.6; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0442400` - identity=46.4; qcov=0.972; evalue=1.62e-180; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014895

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057799025.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057799025.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057799025.1`
4	Nucleus inner membrane	Nucleus inner membrane	0.20000	`XP_057799025.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057799025.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59699308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr3:59699393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:59699408`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A24,A3,A9,B1,B136,B36,B61,B64,B7,B71,B72,B78,B8,B82,B94,C44,C56,D3
`Chr3:59699409`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D11
`Chr3:59699639`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,C45,C78
`Chr3:59699669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B140,B8,C33,C40
`Chr3:59699672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:59699676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr3:59699710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:59699886`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,B68,B8,B82
`Chr3:59699927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,D10
`Chr3:59700149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B36,B8,B82,C13,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943042.1
CGACGCTGAGAAATTGGAAAGTCTCTCTTCAAATAATTTATTTCCTCAAAATTTCCATGTTTGTCTTTCAATCCTTCGTTTATTAATCTTATTTCGCTGAATTTTGTGAGTATATATTGATCTCTTAAACTTCCTCGTTAGGAAGGCGTAAAATGGATCTCCGGCCTCGCCTTCATCGCCTCTTCTTGCTCTCGATTTTCATGTTGCTGTCTCAAGCTGGCGTATCACGGAGCTGGTTGTTTTCATCTAAGGAAGACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014895
ATGGATCTCCGGCCTCGCCTTCATCGCCTCTTCTTGCTCTCGATTTTCATGTTGCTGTCTCAAGCTGGCGTATCACGGAGCTGGTTGTTTTCATCTAAGGAAGACGAGGCCGAGGCTCCTTCAAGCAAGAAGGTGGTTTACAAAAATGGTGCTTCTGAATTCTCCATGGAAGCCCTCAATGACCAGAGGGGCATCCAGTTGATCGAGAGCGCCAAGAACAAAATGCTGGCTCCCAATTCTTGTTGGCAGACGGCCTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799025.1
MDLRPRLHRLFLLSIFMLLSQAGVSRSWLFSSKEDEAEAPSSKKVVYKNGASEFSMEALNDQRGIQLIESAKNKMLAPNSCWQTAYQSVFQGCAKTLADEESRSRLAWSLSDCFQRHTGRPSFPYCDPKSQMRKCLQNLDRDGHKIYLEYFLETNSICHQLQTEAFKHQTERLVNELKSSAEYAEVKLGKIEEHGELLLQNTQQVHDSVASIDVRTQQVAQTAKVLEDHVNSVLRYSEVVYEQSKGIASSQMELSEGQAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器