当前解析结果
SmilChr03G004019| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004019 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004019 |
| 描述 | MLO-like protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 59179464 - 59183385 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014907 |
|---|---|
| GeneID | 131014907 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014907 |
| 原始查询 | LOC131014907 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 6 |
| 产物 | MLO-like protein 6 |
| Arabidopsis | AT1G61560 (MLO6)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842450] identity=56; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0129100 (OsMLO2)- identity=44.5; qcov=1.05; evalue=4.39e-150; confidence=medium |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014907 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057799042.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799042.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799042.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799042.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799042.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:59179617 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr3:59179641 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
Chr3:59179647 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr3:59179686 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,C60,C82 |
Chr3:59180059 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:59181489 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 24 | A11,A16,A21,A3,B103,B129,B137,B17,B21,B38,B52,B65,B76,B8,B87,B88,C10,C17,C35,C68,C71,C82,C86,D1 |
Chr3:59181510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,D6 |
Chr3:59181655 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B40 |
Chr3:59181710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
Chr3:59181824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:59182332 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr3:59182805 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799042.1PF03094
Mlo 6-101 aa
PF03094
Mlo 102-453 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799042.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 6 | 101 | 1.7e-212 | 706.8 | Mlo family |
XP_057799042.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 102 | 453 | 1.7e-212 | 706.8 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。