Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004014`

染色体: Chr03 坐标: 59128762-59132202 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004014`
名称	SmilChr03G004014
描述	serine carboxypeptidase-like 27
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59128762 - 59132202 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014909`
GeneID	`131014909`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014909`
原始查询	`LOC131014909`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine carboxypeptidase-like 27
产物	serine carboxypeptidase-like 27
Arabidopsis	`AT3G07990` (SCPL27) serine carboxypeptidase-like 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819990] identity=76.8; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0833500` (OsSCP5) - identity=73.1; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00450 (Peptidase_S10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014909

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057799045.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057799046.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799045.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799045.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799045.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59129391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,B93,C31,D3
`Chr3:59129434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:59129510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:59129513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,B93,C31,D3
`Chr3:59129551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,B69,C72
`Chr3:59129731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:59130168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr3:59131325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B53,B78,D11
`Chr3:59131346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B38,B39,B75,C72
`Chr3:59131552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr3:59131609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,B69,C72
`Chr3:59131713`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B104,B98,C18,C35,C48,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799045.1

477 aa

238

477

Peptidase_S10

PF00450 Peptidase_S10 38-416 aa

XP_057799046.1

458 aa

229

458

Peptidase_S10

PF00450 Peptidase_S10 38-453 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799045.1`	Pfam	`PF00450`	Peptidase_S10	Domain	38	416	8.7e-132	441.2	Serine carboxypeptidase
`XP_057799046.1`	Pfam	`PF00450`	Peptidase_S10	Domain	38	453	1.5e-147	493.1	Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943063.1
TCATGGAAGATGATGATATTTAGCTAACAACTCCGTCACTTCCATTGACTGCTACTCCAAATTTTACTCACAGATGCCAGAGCACAAAGTGTCCAATCACAAGCCATCATCACTGAGGCCAAACTTTCCCAAAACCCATTAACTTTTCTGTAGAATTATGTAGTGCAATGCAATTGGGCCAATCCCATTTTTTCTGTTAATTTCATGGGTCGTTTTCGTCTCCCCTATATTTTTCTCAAGGGAACATGACGCATGTGGTT...

XM_057943062.1
CTGCTACTCCAAATTTTACTCACAGATGCCAGAGCACAAAGTGTCCAATCACAAGCCATCATCACTGAGGCCAAACTTTCCCAAAACCCATTAACTTTTCTGTAGAATTATGTAGTGCAATGCAATTGGGCCAATCCCATTTTTTCTGTTAATTTCATGGGTCGTTTTCGTCTCCCCTATATTTTTCTCAAGGGAACATGACGCATGTGGTTGTCAGAGTCAATGAGAGGTGTTAATGGAGCAGTAGAAAACTAGAAACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014909
ATGGGGGGTTCAATAATCTGTGCAATTTGCTTCTTGTTGTTGAATTATTTTGTGGGAATTTGCTACTCTTTGTATAGTGTAGATCAAGAAAATGATAGGATCACATATTTGCCTGGGCAGCCACAAAATGTTGGATTCAACCAGTATTCTGGTTATGTGACTGTGAATGAGCAAAATGGGAGGGCACTTTTTTACTGGTTGACAGAGGCGCCTAACGATAGAGACCCTGATTCAAGGCCACTGGTTTTGTGGCTCAATGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057799045.1
MGGSIICAICFLLLNYFVGICYSLYSVDQENDRITYLPGQPQNVGFNQYSGYVTVNEQNGRALFYWLTEAPNDRDPDSRPLVLWLNGGPGCSSVAYGAAEEIGPFRINSDGRTLFLNPYAWNKLANLLFLESPAGVGFSYSNTSSDLYTVGDRRTAEDAYAFLINWLERFPQYKHREFYIAGESYAGHYVPQLSQLVHERNKGVQNPVLNFKGFLVGNAVTDDYHDYIGTFEYWWTHGLISDSTYRTLNKTCDMGSATHP...

XP_057799046.1
MGGSIICAICFLLLNYFVGICYSLYSVDQENDRITYLPGQPQNVGFNQYSGYVTVNEQNGRALFYWLTEAPNDRDPDSRPLVLWLNGGPGCSSVAYGAAEEIGPFRINSDGRTLFLNPYAWNKLANLLFLESPAGVGFSYSNTSSDLYTVGDRRTAEDAYAFLINWLERFPQYKHREFYIAGESYAGHYVPQLSQLVHERNKGVQNPVLNFKGFLVGNAVTDDYHDYIGTFEYWWTHGLISDSTYRTLNKTCDMGSATHP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器