Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004043`

染色体: Chr03 坐标: 59424271-59427750 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004043`
名称	SmilChr03G004043
描述	protein TONNEAU 1a-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59424271 - 59427750 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014937`
GeneID	`131014937`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014937`
原始查询	`LOC131014937`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TONNEAU 1a-like
产物	protein TONNEAU 1a-like
Arabidopsis	`AT3G55000` (TON1A) tonneau family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824665] identity=73.8; qcov=0.992; evalue=1.03e-131; confidence=high
Rice	`Os11g0102600` (OsTON1b) - identity=73.2; qcov=0.985; evalue=5.44e-136; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF16045 (LisH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell projection	细胞突起	1.00000	`XP_057799102.1`
2	Centrosome	中心体	0.80000	`XP_057799102.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057799102.1`
4	Midbody	Midbody	0.80000	`XP_057799102.1`
5	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057799102.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59425229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr3:59426022`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B112,B91,C36,C7
`Chr3:59426509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799102.1

261 aa

130

261

LisH_2

PF16045 LisH_2 77-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799102.1`	Pfam	`PF16045`	LisH_2	Domain	77	104	2.1e-13	49.8	LisH

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943119.1
AACAAAAATGTGAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAGGTTAATGAAAAAGAAGCTGCACCAGCAAGGTAGATTTGTGTGAGGAAATTTGCACCGCATCTCCTCTCTTTTGCAGTTAGATACGGTTTTATGCACTACTAACTAAAGTCGCGGTTTAGCGCTTCATTTTAACAGCGATTTCTCACCCAAAGCGACCTGTGGTGAAATCTAATCAAACCGGATACAGAATTTCACGATTTCTGAATCAAACACTCTTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014937
ATGGACGATTACACGCGAGAAATGATGGATTTGAAAACCCTAGTTACACGTACTCTCGAGAAGAAAGGCGTTCTTGCCAAGATCCGTGCTGAACTGAGAGCTAGTGTATTTGAAGCGATAGAAGAAGAGGATAGGGTAATAGAGAAAGACGATGGGCTGCCTCCTGCCCTTCTGGGTAGTTGCAATGATCGTGCAAAGCAGCTCCACAACTCTCCTTCTGGAAGACTTCTAACTGCATTGATATGTGAATATCTAGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799102.1
MDDYTREMMDLKTLVTRTLEKKGVLAKIRAELRASVFEAIEEEDRVIEKDDGLPPALLGSCNDRAKQLHNSPSGRLLTALICEYLDWAQLNHTLKVYLPECNLPKDSWKSELRDFSSKNGYDLNRNGDSGPLLLDVLEGFLKYENLSQGRGSNRRSTTPDADSLSNIDARNMRRPSPSSVAGGLPPLGRALPASQPSDRRAGSSTSGYRKDEYSWRYDNDELPEDVGRASAALENLQLDRKARNLTSSWRHAGDGMSEET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器