Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004041`

染色体: Chr03 坐标: 59417119-59419256 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004041`
名称	SmilChr03G004041
描述	elongator complex protein 6
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59417119 - 59419256 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014938`
GeneID	`131014938`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014938`
原始查询	`LOC131014938`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongator complex protein 6
产物	elongator complex protein 6
Arabidopsis	`AT4G10090` (ELP6) elongator protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826600] identity=50.8; qcov=1.01; evalue=5.55e-89; confidence=high
Rice	`Os03g0284000` - identity=48.6; qcov=0.867; evalue=3.64e-65; confidence=high
GO	GO:0002098 (tRNA wobble uridine modification); GO:0033588 (elongator holoenzyme complex)
KEGG	-
Pfam	PF09807 (ELP6); PF10483 (Elong_Iki1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057799103.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057799103.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057799103.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057799103.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799103.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59417352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:59418262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B85
`Chr3:59418262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:59418299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:59418559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B33,B70,C27
`Chr3:59418937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B90,B92,C15,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799103.1

256 aa

128

256

Elong_Iki1

ELP6

PF10483 Elong_Iki1 16-231 aa PF09807 ELP6 16-244 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799103.1`	Pfam	`PF10483`	Elong_Iki1	Family	16	231	2.8e-12	47.5	Elongator subunit Iki1
`XP_057799103.1`	Pfam	`PF09807`	ELP6	Family	16	244	9.2e-30	104.6	Elongation complex protein 6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943120.1
AGTTTATGCATAATCATTAATCAATTATCAAAAACTCTCTAACGCAATATATAGATTTCCCCTTAAAAAGACAAATTTATTCACGAACCAGGAACGTCTATTGACTGCAGAGTGCAAATGCTCTTCAATGCAAAACCCTAATTTGAATTTCAAAACCCCCAAATTACAGCAGAATCAACTACTACAAAACCAGAGTGAAAATTAGCATTCAATTCGCCCAGTAATGGCGAATGCTCCGCCACCCAACCTTCTCGACGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014938
ATGGCGAATGCTCCGCCACCCAACCTTCTCGACGAGTCCCTCGGCGACACAGCAGGCGGCGGAAGGATGATTCTGGTGGAGGACTGCGTGGAGACTAGCGGAGCTTTCGTGGTGCATCACTTGCTCAAGCGAGCTCTCCACCCTCACTCTTCCGACGCCGTCGTGTTTCTCTCCTTCTCTCACCCTTTCTCTCACTACGATCGCGTTCTCCGCAAAATGGGCTGCAACCTGAGTGTTCAAAGAGATAATAAGAGATTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799103.1
MANAPPPNLLDESLGDTAGGGRMILVEDCVETSGAFVVHHLLKRALHPHSSDAVVFLSFSHPFSHYDRVLRKMGCNLSVQRDNKRLLFFDMLALDHLDRNRGKTSEDILIALYGEVQKAVEVSRSHEGRHNITVVIDDVSLMEVDAKGSSDLVLDFLRYCYSLTAQFGCSLIALNHEDLYSTAHQPNLLLQLEYLADTVIKIEPLATGLAKDVHGQLTVSNRNLRLGSGKSRSRVHNFQFRIKDSSVEYFYPGSKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器