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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004097

染色体: Chr03 坐标: 59844411-59847166 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004097
名称SmilChr03G004097
描述phytochrome-interacting ankyrin-repeat protein 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59844411 - 59847166 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014944
GeneID131014944
locus_tag-
NCBI NameLOC131014944
原始查询LOC131014944

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytochrome-interacting ankyrin-repeat protein 1-like
产物phytochrome-interacting ankyrin-repeat protein 1-like
ArabidopsisAT5G07840 (PIA1)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830677]
identity=67.7; qcov=0.988; evalue=2.06e-80; confidence=high
RiceOs02g0102600
-
identity=72.7; qcov=0.888; evalue=3.08e-81; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799108.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057799108.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799108.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799109.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799109.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59845012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,C19,C29
Chr3:59845015 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B31,B46,B56,B96
Chr3:59845015 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 B31,B46,B56,B96
Chr3:59845090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C34
Chr3:59845205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B95,C1,C43,C7
Chr3:59845214 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr3:59845214 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr3:59846300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,B60,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799108.1
198 aa
N
1
99
198
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_3
Ank
C
PF12796 Ank_2 18-92 aa PF00023 Ank 26-54 aa PF13606 Ank_3 26-54 aa PF13637 Ank_4 30-78 aa PF13606 Ank_3 62-91 aa PF00023 Ank 62-94 aa
XP_057799109.1
169 aa
N
1
84
169
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank
Ank_3
C
PF12796 Ank_2 18-92 aa PF00023 Ank 26-54 aa PF13606 Ank_3 26-54 aa PF13637 Ank_4 30-78 aa PF13606 Ank_3 62-91 aa PF00023 Ank 62-94 aa PF13637 Ank_4 67-118 aa PF00023 Ank 97-122 aa PF13606 Ank_3 97-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799108.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 18 92 3.6e-18 66.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799108.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 26 54 1.4e-22 79.2 Ankyrin repeat
XP_057799108.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 26 54 1.4e-17 62.5 Ankyrin repeat
XP_057799108.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 30 78 3.9e-12 46.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799108.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 62 91 1.4e-17 62.5 Ankyrin repeat
XP_057799108.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 62 94 1.4e-22 79.2 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 18 92 1.5e-19 71.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799109.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 26 54 9.4e-25 86.0 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 26 54 8.2e-20 69.3 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 30 78 1.5e-19 70.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799109.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 62 91 8.2e-20 69.3 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 62 94 9.4e-25 86.0 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 67 118 1.5e-19 70.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799109.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 97 122 9.4e-25 86.0 Ankyrin repeat
XP_057799109.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 97 122 8.2e-20 69.3 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943126.1
GCTCTCTATCTCTCTCGTATGGTTTAACGCTTTAGTTGAAACACTCTTTTCTCTCTCTTCTCTCTCTGTATATATATAATATTTTCATAAATATCTAATGCCGCGTCTCAATTAGAAGTCATCTTCATCTTCCGCGCTCCTGACCTAGGGTTTCATCCGAATCCGATACCTCATTCCCCAACTCCACATATACAGACAAAATCGAAATATATGCAGCCGCCTAATTGAGCTCAATCGTCCTCTGTTCCTTCGTTAATTTC...
XM_057943125.1
ATAAATATCTAATGCCGCGTCTCAATTAGAAGTCATCTTCATCTTCCGCGCTCCTGACCTAGGGTTTCATCCGAATCCGATACCTCATTCCCCAACTCCACATATACAGACAAAATCGAAATATATGCAGCCGCCTAATTGAGCTCAATCGTCCTCTGTTCCTTCGTTAATTTCATCTTATTATAGATTTCAGGATTAGGGCATCAATTATGATTATCTCTGTAAAATCTCGATTCACATCGTCATTCAATGTTATGCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014944
ATGCCAGAGTTTGAGGTGGAATCTATTAGGAGGAACCGGAAGATGCTTAGGTCGGGAGGCGATAGGGATGATCGAGGCTGGACCTTGCTACACATCTATGCTCGGAAAGGCGACCTTAGAGAGGTGAGGCGGCTTCTTAATGAAGGAGTGGATGTTAATGTTGCTGCTTGGGGCCCAAAATCGCATGGTGTGACCCCTCTACATCTTGCTGCTAAAGGGGGCCATCTTAAGGTGATGGATGAGCTGTTAGAGCGTGGTGC...
LOC131014944
ATGCCAGAGTTTGAGGTGGAATCTATTAGGAGGAACCGGAAGATGCTTAGGTCGGGAGGCGATAGGGATGATCGAGGCTGGACCTTGCTACACATCTATGCTCGGAAAGGCGACCTTAGAGAGGTGAGGCGGCTTCTTAATGAAGGAGTGGATGTTAATGTTGCTGCTTGGGGCCCAAAATCGCATGGTGTGACCCCTCTACATCTTGCTGCTAAAGGGGGCCATCTTAAGGTGATGGATGAGCTGTTAGAGCGTGGTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799108.1
MPEFEVESIRRNRKMLRSGGDRDDRGWTLLHIYARKGDLREVRRLLNEGVDVNVAAWGPKSHGVTPLHLAAKGGHLKVMDELLERGANIDARTKGACGCAYILSTMISIVNCHVCLHVTSSLFLLDAGTPLHNAAKEKKKRAIRFLVENGAFLPDDINDTRFNPPTHYCPGLEWAYEELRRLQQDSSSSGDTSCSSDN
XP_057799109.1
MPEFEVESIRRNRKMLRSGGDRDDRGWTLLHIYARKGDLREVRRLLNEGVDVNVAAWGPKSHGVTPLHLAAKGGHLKVMDELLERGANIDARTKGACGWTPLHNAAKEKKKRAIRFLVENGAFLPDDINDTRFNPPTHYCPGLEWAYEELRRLQQDSSSSGDTSCSSDN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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